Perwakilan Kerjasama dengan perguruan tinggi luar negeri

Pratikno beberapa kali mendapat jabatan perwakilan kerjasama antar Universitas Gadjah Mada dengan universitas-universitas luar negeri. Pada tahun 1998 hingga tahun 2003, ia ditunjuk sebagai Anggota Dewan Akademik Kerjasama UGM dan Agder University College. Pratikno juga menjadi Mitra Indonesia untuk kerjasama antara Universitas Gadjah Mada dan Universitas Nasional Singapura serta perguruan tinggi lainnya di Asia dan Australia pada tahun 2001 hingga 2008. Di tahun 2003, ia menjabat sebagai Manajer Kerjasama Program Pascasarjana Politik Lokal dan Otonomi Daerah Universitas Gadjah Mada dengan Departemen Studi Asia, Flinders University of South Australia.

Dalam selang waktu 2004 hingga 2006, ia menjadi Mitra untuk Kerjasama Indonesia antara Institute Development Studies, Brighton, UK; Madras Institute of Development Studies, Chennai, India; Lahore University of Management Science, Pakistan, dan Universitas Gadjah Mada. Di tahun yang sama, ia juga menjadi Mitra Tetap Indonesia untuk Barometer Asia, Universitas Tokyo dan Universitas Chuo, Jepang (2004–2009).Rentang waktu tahun 2007 hingga 2011, ia menjabat sebagai Manajer Kerjasama Fisipol UGM dengan Royal Dutch Institute of Southeast Asian and Carribean Studies/Koninklijk Instituut voor Taal, Land, en Volkenkunde (KITLV, Leiden). Tahun 2007 hingga 2011, Pratikno mejadi anggota Dewan kerjasama antara Pusat Studi Sosial Asia Timur dan Asia Tenggara (PSSAT) Universitas Gadjah Mada dengan Universitas Oslo, Norwegia dan Universitas Kolombo, Sri Lanka.

Dekan dan Rektor

Dalam jabatan struktural, Pratikno ditunjuk sebagai Wakil Dekan Bidang Akademik Fakultas Ilmu Sosial dan Politik pada tahun 2001–2004. Seiring jabatannya sebagai Wakil Dekan, ia juga menjabat sebagai Ketua Program Studi Pascasarjana Politik Lokal dan Otonomi Daerah dari tahun 2003 hingga 2008. Selanjutnya, Pratikno terpilih sebagai Fakultas Ilmu Sosial dan Politik untuk periode 2008 hingga 2012.

Pratikno terpilih menjadi Rektor Universitas Gadjah Mada untuk periode 2012 hingga 2017. Namun, Pratikno menanggalkan jabatannya pada tahun 2014, karena ditunjuk sebagai Menteri Sekretaris Negara.

Tim Ahli di Kementerian Dalam Negeri

Pratikno terjun di dunia pemerintahan pada tahun 2006. Dari tahun 2006 hingga 2007, ia menjadi tim ahli Anggota Tim Ahli Bidang Hukum, Sosial Politik, dan Otonomi Daerah di Departemen Dalam Negeri Republik Indonesia (sekarang Kemeneterian Dalam Negeri). Posisi digeser menjadi Anggota Tim Ahli Konsepsi Penyelenggaraan Pemerintahan Daerah di Departemen yang sama dalam waktu 2007 hingga 2012.

Menteri Sekretaris Negara

Di tahun 2014, ia ditunjuk sebagai Menteri Sekretaris Negara (Mensesneg) oleh Presiden ke-7 Indonesia Joko Widodo. Ia dipercaya selama 2 periode dan menjadi tangan kanan presiden Joko Widodo. Pratikno selama menjabat turut mengumumkan pernyataan presiden serta menyusun secara administrasi peraturan presiden hingga keputusan presiden.

Di awal tahun 2015, Budi Gunawan menjadi calon tunggal Kepala Kepolisian Republik Indonesia (Kapolri), tetapi mengalami kontroversi karena tidak lama setelah pencalonan, Budi Gunawan ditetapkan sebagai tersangka korupsi oleh Komisi Pemberantasan Korupsi.^[5] Kemudian, Mensesneg Pratikno meminta Budi Gunawan untuk mundur sebagai calon Kapolri.^[6] Kurang lebih seminggu kemudian, Pratikno menyampaikan keterangan pers Presiden yang mencalonkan Badrodin Haiti sebagai calon tunggal Kapolri.^[7]

Pada Mei 2015, Mensesneg Pratikno melantik Kepala Sekretariat Presiden, Kepala Sekretariat Wakil Presiden serta 4 Deputi Sekretariat Wakil Presiden.^[8]

Pada September 2016, Pratikno dirumorkan bertemu ketua umum partai untuk Pemilihan Kepala Daerah 2017, tetapi kabar itu dibantah oleh Pratikno sendiri. Ia menegaskan bersikap netral di Pilkada 2017.^[9] Pada Oktober 2016, Mensesneg Pratikno mendampingi Presiden Joko Widodo menerima delegasi Organisasi Kerja Sama dan Pembangunan Ekonomi yang bahas reformasi perpajakan di Indonesia.^[10]

Pada November 2017, Mensesneg Pratikno bersama Direktur Jenderal Konservasi Sumber Daya Alam dan Ekosistem, Kementerian Lingkungan Hidup dan Kehutanan meluncurkan Kawasan Hutan Dengan Tujuan Khusus (KHDTK) Getas-Ngandong sebagai area pengembangan pendidikan dan pelatihan dalam pengelolaan hutan bagi sivitas akademika Universitas Gadjah Mada.^[11]