Bondan lahir di Yogyakarta, 24 April1948. Saat SMA, ia aktif di Gerakan Siswa Nasional Indonesia (GSNI), sebuah organisasi beraliran nasionalis dan pro-Bung Karno. Ketika kuliah di Jurusan Teknik Geologi Fakultas TeknikUniversitas Gadjah Mada, ia pernah menjadi fungsionaris Dewan Mahasiswa UGM dari tahun 1972 hingga 1975, ia juga aktif di Gerakan Mahasiswa Nasional Indonesia (GMNI). Ia adalah seorang geolog dan sempat menjadi dosen Fakultas Teknik Geologi dan Mineral Universitas Trisakti pada 1986 hingga 1989.[1] Ia juga pernah menjadi Rektor Universitas 17 Agustus. Bondan bergabung dengan Kelompok Kerja Forum Demokrasi (Fordem) yang dipimpin oleh Gus Dur hingga akhirnya ia menjadi ketua dari komunitas politik tersebut. Hal ini membuatnya dekat dengan Gus Dur sehingga ia pun kemudian diangkat menjadi Sekretaris Pengendalian Pemerintahan RI dan juga Sekretaris Negara menggantikan Alirahman yang selanjutnya mengundurkan diri.
Pada malam tanggal 29 Mei 2000, Bondan mengadakan konferensi pers mengumumkan pengunduran dirinya dari jabatannya. Pengunduran diri itu diduga terkait dengan kasus bobolnya dana Yayasan Bina Sejahtera (Yanatera) Bulog sebesar Rp 35 miliar yang melibatkan dirinya.[3] Namun, ia membantah terlibat. Ia beralasan pengunduran dirinya itu agar tidak membebani presiden dengan masalah yang sedang dihadapinya.[4] Ia kemudian digantikan oleh Djohan Effendi.[3]
