Perjalanan kereta api ini menuju DKI Jakarta (Pasar Senen) dilakukan pada pagi hari, sedangkan perjalanan menuju Kota Yogyakarta (Lempuyangan) dilakukan pada malam hari—berkebalikan dengan jadwal perjalanan yang ditawarkan oleh kereta api Gajahwong.
Disaat Musim Arus Balik Lebaran 2022 Kereta api Bogowonto dijalankan dengan Kereta Ekonomi konfigurasi 3-2, sedang berhenti di Stasiun Bekasi, 7 Mei 2022
Kereta api Bogowonto beroperasi pertama kali di lintas Kutoarjo–Pasar Senen pada 3 September 2010.[2] Kereta api ini merupakan kereta api dengan rangkaian kereta kelas ekonomi pertama yang dibuat di PT. INKA yang dilengkapi dengan pendingin udara.[2]
Setelah dilakukan penyederhanaan rangkaian kereta dan pengaturan waktu perjalanan, waktu keberangkatan kereta api Bogowonto diubah menjadi siang hari serta lintas pelayanannya diperpanjang hingga Stasiun Lempuyangan mulai 1 Maret 2012.[3]
Rangkaian
Ketika rangkaian kereta api Mutiara Timur sedang dipakai oleh kereta api Bogowonto relasi Lempuyangan–Pasar Senen.
Awalnya, KA Bogowonto ini rangkaiannya idle milik KA Mutiara Timur yang tidak beroperasi setiap hari, dikarenakan rangkaian aslinya sedang konservasi sementara dan juga rangkaian milik KA Mutiara Timur yang Ekonomi Kemenhub aslinya milik KA Bogowonto dan Gajahwong yang telah dimutasi ke Depo KTG dari YK, dan juga rangkaian milik KA Mutiara Timur yang aslinya Stainless Steel sudah di mutasi ke beberapa Daop lainnya. KA Bogowonto ini kembaran dari KA Gajahwong, tetapi KA Gajahwong statusnya Fakultatif (beroperasi pada hari tertentu).
Pada awal Desember 2022, rangkaian milik Kereta Api Mutiara Timur akhirnya dipindahkan ke Dipo KTG untuk pengoperasian Blambangan Ekspress relasi Ketapang–Semarang Tawang. Pada liburan Natal dan tahun baru2023, KA Bogowonto menggunakan rangkaian kereta kelas ekonomi plus hasil modifikasi, kapasitas penumpang 80 Tempat duduk dengan konfigurasi 2-2 tanpa kereta difabel dan tanpa kereta kelas eksekutif, rangkaian ini juga sempat digunakan KA Bogowonto saat liburan Idul Fitri 2022 dengan kereta ekonomi AC Split, Kapasitas penumpang 106 Tempat duduk dengan konfigurasi 3-2. Sekarang per Gapeka 2023, KA Bogowonto kembali menggunakan rangkaian baja nirkarat dari Depo Induk Yogyakarta.
Pengoperasian saat ini
Pada akhir Januari 2023 atau setelah angkutan Nataru 2023 berakhir, rangkaian KA Bogowonto berganti lagi, tepatnya menggunakan rangkaian baja nirkarat mutasi dari Depo Kereta Tanjungkarang (Depo TNK) bekas rangkaian dari Kereta api Limex Sriwijaya (sekarang tidak beroperasi lagi).
Rangkaian baja nirkarat ini juga awalnya dipakai untuk rangkaian Kereta Api Tambahan YK-GMR dan Kereta api Lodaya Tambahan. Namun karena masa angkutan Nataru 2023 telah berakhir, rangkaian ini "menganggur" di Depo YK sebelum akhirnya dipakai untuk pengoperasian kereta api Bogowonto saat ini. Kemudian K3 modifikasi milik kereta api Bogowonto dipinjam oleh Kereta api Menoreh rute Semarang Tawang-Jakarta Kota. Kemudian akhirnya rangkaian K3 modifikasi yang dipakai KA Menoreh ini ditukar dengan rangkaian K3 Kemenhub milik kereta api Bangunkarta.
kereta api bogowonto kini menggunakan pembangkit B40 dengan 60% solar dan 40% minyak sawit
Kereta api Bogowonto menggunakan rangkaian terbaru dengan lungsuran dari rangkaian Kereta api Logawa TSC-14.
Mulai 31 Januari 2025, Kereta api Bogowonto resmi menggunakan kereta campuran kelas eksekutif dan ekonomi generasi terbaru berbahan baja nirkarat buatan PT INKA Madiun. Kereta api Bogowonto pada kereta ekonomi new generation ini telah mendapatkan lungsuran dari rangkaian Kereta api Logawa TSC-14, sedangkan kereta eksekutif nya memakai TSB-23 bekas dari rangkaian Kereta api Direct Train rute Semarang–Jakarta, untuk rangkaian kereta ekonomi premium akan dimutasi ke Depo Purwokerto (PWT) untuk menggantikan rangkaian Kereta api Logawa yang sudah dimutasi ke Depo YK.
Stasiun pemberhentian
Peta rute geografis kereta api Bogowonto berdasarkan Gapeka 2025
YPYA Terintegrasi dengan Commuter Line Yogyakarta, Prambanan Ekspres, lin Yogyakarta International Airport, layanan Trans Jogja Istimewa dan Teman Bus Yogyakarta
Y Stasiun ujung, terintegrasi dengan Commuter Line Yogyakarta
★
Legenda
★
Stasiun ujung (terminus)
■
Berhenti untuk semua arah
▲
Berhenti hanya mengarah ke Pasar Senen (satu arah)
▼
Berhenti hanya mengarah ke Lempuyangan (satu arah)
Insiden
Pada 4 Mei 2014, kereta api Bogowonto tujuan Stasiun Lempuyangan beserta kereta pembangkitnya ("P 0 08 01") yang ditarik dengan lokomotif CC206 13 69 YK terguling setelah menabrak truk kontainer di Cirebon, Jawa Barat. Tidak ada korban jiwa, tetapi masinis dan beberapa penumpang terluka. Kejadian ini menyebabkan jadwal kereta terhambat serta evakuasi berjalan sulit karena beban CC 206 yang berat.[5]
Hanya berisi layanan kereta api yang dioperasikan oleh induk perusahaan. Untuk layanan yang dioperasikan oleh anak perusahaan, lihat Templat:KAI Commuter untuk layanan KAI Commuter, Templat:KAI Bandara untuk layanan KAI Bandara dan Templat:KCIC untuk layanan KCIC/Whoosh