Perjalanan Terakhir Kereta api Krakatau sebelum beralih ke Kereta api Singasari
Sebelum kereta api ini beroperasi, pada awalnya terdapat layanan kereta api yang melayani lintas Malang-Jakarta melalui jalur utara, yaitu Kereta api Senja Singosari dengan layanan kelas bisnis, tetapi pengoperasiannya telah dihentikan pada 21 September 2012 karena tingkat okupansi penumpang yang rendah, sehingga lintas tersebut digantikan oleh Kereta api Majapahit. Pada 19 Agustus 2016 Kereta api Singosari Ekspres beroperasi dengan rute Surabaya Gubeng-Malang dengan layanan kelas bisnis idle rangkaian Kereta api Mutiara Selatan yang menganggur di Surabaya Kota, tetapi pengoperasian Kereta api Singosari Ekspres telah dihentikan pada 25 September 2016 (36 hari beroperasi) karena tingkat okupansi penumpang yang sepi, sehingga lintas tersebut dilanjutkan oleh kereta api Arjuno Ekspres dan Jayabaya relasi Pasar Senen–Surabaya Pasarturi–Malang
Kereta api Singasari akan melintasi bekas Depo lokomotif Jatinegara
Kereta api Singasari merupakan hasil pemangkasan relasi dari kereta api Krakatau Ekspres, sebelumnya memiliki rute terpanjang di tahun 2013, yaitu Merak–Purwokerto–Madiun kemudian diperpanjang sampai Kediri tanggal 10 November 2013 dan kemudian diperpanjang lagi sampai Blitar tanggal 1 April 2017. Pada Tanggal 17 Juli 2017 karena keterisian penumpang yang rendah di lintas Pasar Senen–Merak semenjak ada Commuter Line Rangkasbitung per 1 April 2017 dan serta untuk optimalisasi rangkaian kereta, mengganti menjadi kereta api Lokal Merak (Rangkasbitung–Merak). Pada awal pengoperasian, kereta api ini hanya melayani kelas ekonomi plus seperti pendahulunya. Per 1 November 2018, kereta api ini mulai melayani kelas eksekutif guna meningkatkan pelayanan.
Pada tanggal 1 Juni 2023 bertepatan dengan pemberlakuan Gapeka 2023, KA Singasari saling bertukar rangkaian dengan kereta api Bangunkarta, hal ini dikarenakan adanya kesamaan pada kereta api ekonomi yang digunakan, yaitu kereta ekonomi modifikasi. Selain itu, tukar rangkaian ini juga bertujuan untuk mempersingkat waktu istirahat kereta di Stasiun Pasar Senen. Sehubungan dengan perubahan rangkaian kereta api Argo Merbabu mendapatkan rangkaian lungsuran dari kereta api Argo Sindoro/Argo Muria dan mulai pada tanggal 19 Juli 2025, kereta api Singasari (bersamaan dengan kereta api Bangunkarta) akan menggunakan rangkaian kereta api lungsuran dari rangkaian baja ringan tahun 2016/2017.
Mulai 15 April 2026, kereta api Bangunkarta (bersamaan dengan kereta api Singasari) resmi menggunakan kereta campuran eksekutif dan ekonomi generasi terbaru berbahan baja nirkarat buatan PT INKA.
Stasiun pemberhentian
Peta rute geografis kereta api Singasari berdasarkan Gapeka 2025
Hanya berisi layanan kereta api yang dioperasikan oleh induk perusahaan. Untuk layanan yang dioperasikan oleh anak perusahaan, lihat Templat:KAI Commuter untuk layanan KAI Commuter, Templat:KAI Bandara untuk layanan KAI Bandara dan Templat:KCIC untuk layanan KCIC/Whoosh