Kereta api Pekalongan Ekspres adalah layanan kereta api kelas ekonomi AC yang pernah melayani relasi Semarang Tawang–Pekalongan PP. Kereta api ini direncanakan akan beroperasi pada tanggal 12 Juli 2014. Namun, peluncuran kereta api ini dimundurkan satu hari menjadi 11 Juli 2014. Rangkaian kereta api ini menggunakan rangkaian Kereta api Kamandaka relasi Purwokerto–Semarang PP yang tidak dipakai saat siang hari. Kereta api ini memiliki pemberhentian pada Stasiun Semarang Tawang, Stasiun Semarang Poncol, Stasiun Weleri, Stasiun Plabuan, dan berakhir di Stasiun Pekalongan. Kereta api ini diluncurkan untuk mengangkut para penumpang kereta api Kaligung Mas yang tak terangkut atau kehabisan tiket dan mempromosikan wisata di Stasiun Plabuan dan sekitarnya yang terkenal oleh pantai dan penangkaran ikannya. Harga kereta api ini adalah Rp 25.000,00 s.d. Rp 40.000,00, bergantung pada jarak tempuh.
Karena putusnya Jembatan Comal yang melumpuhkan jalur pantura Pemalang-Pekalongan, PT KAI memperpanjang rute kereta api ini menjadi Semarang Tawang-Pemalang pp mulai tanggal 22 Juli 2014. Untuk kereta api yang ke Pemalang tetap menggunakan nomor yang sama tetapi namanya berubah menjadi Pemalang Ekspres.
Karena Kereta api Kamandaka ditambah perjalanannya menjadi 3 kali sehari, mulai 19 Desember2014 seluruh perjalanan kereta api ini dihentikan untuk seterusnya.
Hanya berisi layanan kereta api yang dioperasikan oleh induk perusahaan. Untuk layanan yang dioperasikan oleh anak perusahaan, lihat Templat:KAI Commuter untuk layanan KAI Commuter, Templat:KAI Bandara untuk layanan KAI Bandara dan Templat:KCIC untuk layanan KCIC/Whoosh
