Kereta api Harina pertama kali beroperasi pada 20 Mei 2003, merupakan penerus dari kereta api Mahesa rute Bandung–Semarang melalui lintas selatan Jawa.[3] Namun, pengoperasian kereta api Mahesa dihentikan karena jarak tempuh yang terlalu panjang—dalam hal ini, kereta api ini melintasi jalur yang terkesan memutar jauh—serta tanggapan dari penumpang yang tidak terlalu menggembirakan.[3] Selain itu, kereta api ini pernah memiliki frekuensi perjalanan sebanyak dua kali perjalanan pulang-pergi (pagi dan malam) sebelum pengoperasian kereta api Harina jadwal pagi dihentikan pada 1 November 2011 karena tidak memenuhi tingkat keterisian minimum.[4][5]
Pada awalnya, ia melayani rute Semarang–Bandung. Setelah PT KAI melakukan penyusunan ulang grafik perjalanan, rute kereta api ini akan diperpanjang hingga Stasiun Surabaya Pasarturi. Pada 1 Maret2013, Kereta api Rajawali dihapus, sementara itu Kereta api ini diperpanjang rutenya hingga Surabaya Pasar Turi, sedangkan Kereta api ini telah dipindahtangani operasional dari Daerah Operasi IV Semarang ke Daerah Operasi II Bandung serta Rangkaian kereta api Harina dan Rajawali yang dipakai pun dimutasi Ke Bandung (BD).[6][7][8]
Mulai 1 Agustus 2018, kereta api Harina beroperasi menggunakan rangkaian kereta baja nirkarat buatan PT INKA dengan layanan kelas eksekutif dan ekonomi premium.
Per 24 Januari 2024, terjadi perubahan pola operasi kereta api Harina karena rangkaian kereta api ini saling bertukar pakai dengan rangkaian kereta api Malabar dengan keberangkatan pagi dari Bandung menuju Malang.
Mulai tanggal 1 Februari 2025, bertepatan dengan pemberlakuan grafik perjalanan kereta api (Gapeka) 2025, kereta api Harina jadwal pagi beroperasi kembali setelah hampir 14 tahun diberhentikan operasionalnya dan saling bertukar rangkaian dengan kereta api Mutiara Selatan yang beroperasi dengan relasi Bandung–Surabaya Gubeng.
Walaupun rangkaian kereta api tersebut berpindah kedudukan, namun operasional kereta api Harina jadwal pagi tetap dikelola oleh Daerah Operasi II Bandung. Namun menggunakan rangkaian yang tidak berkedudukan di depo induk yang berada di Daerah Operasi II Bandung.
Stasiun pemberhentian
Peta rute geografis kereta api Harina berdasarkan Gapeka 2025
Pada 21 Oktober 2010, kereta api Harina menerjang longsor di Jatiluhur, Purwakarta, pukul 05.00. Tidak ada korban jiwa, tetapi perjalanan kereta terhambat karena posisi lokomotif dan kereta yang melintang terhadap rel.[9]
Pada 1 September 2011, kereta api Harina menabrak angkot di Cibogohilir, Plered, Purwakarta yang menyebabkan satu orang tewas dalam kejadian tersebut.[10]
Pada 4 Maret 2013, kereta api Harina menabrak tiga orang saat mengendarai sepeda motor di perlintasan Banjaran, Baureno, Bojonegoro yang menyebabkan semua korban tertabrak tewas.[11]
Pada 6 April 2014, kereta api Harina menabrak mobil saat membawa rombongan pengantin di Jatigede, Sumberejo, Bojonegoro yang menyebabkan dua orang tewas saat kejadian tersebut.[12]
Pada 11 April 2015, kereta api Harina menabrak truk bermuatan kayu saat mogok di perlintasan. Tidak ada korban jiwa dalam insiden ini, tetapi truk terlempar sejauh 100 meter.[13]
Pada 8 Mei 2025, kereta api Harina relasi Bandung–Surabaya Pasar Turi (KA 96) yang ditarik oleh Lokomotif CC 206 13 25 menabrak truk di perlintasan didaerah Kaligawe, Kota Semarang, yang disebabkan oleh supir truk yang menerobos palang pintu perlintasan saat pintu sedang ditutup. Pada akhirnya, kereta api Harina menabrak truk tersebut yang menyebabkan supir truk tewas dan penumpang truk mengalami luka ringan.[14]
5 bulan kemudian, tepatnya pada 21 Oktober 2025 sekitar pukul 16.37 WIB, kereta api Harina relasi Bandung–Surabaya Pasarturi dengan nomor KA 100 kembali menabrak sebuah truk trailer di tempat yang sama antara petak Stasiun Semarang Tawang dan Alastua, Kota Semarang, Jawa Tengah. Kejadian ini menyebabkan kerusakan pada bagian depan lokomotif CC206 dan pada bagian samping pada kereta pembangkit, serta ringseknya truk trailer.[15] Insiden ini juga mengharuskan kereta api Harina ditarik mundur menuju Stasiun Semarang Tawang untuk melakukan penggantian sarana lokomotif dan kereta pembangkit. Tidak ada korban jiwa atas kejadian ini.[16] Selain itu, pihak KAI juga akan menempuh jalur hukum terkait dengan kejadian ini.[17]
Pada 15 Februari 2026, sebuah minibus tertabrak kereta api Harina yang sedang melaju di JPL 16, sebuah perlintasan tanpa palang pintu. Peristiwa ini terjadi di Desa Brumbung, Demak di lintas km 13+200. Pengemudi sempat diperingatkan oleh warga tetapi tidak diindahkan dan nekat melaju aat kereta tengah melintas. Kecelakaan pun terjadi dan minibus tertabrak dan terseret hingga menabrak pos penjagaan perlintasan. Akibatnya mobil mengalami kerusakan berat di bagian depan dan tengah sedangkan pengemudi tewas saat kejadian. Kerugian dari insiden ini ditaksir hingga Rp 80 juta sementara perjalanan kereta api mengalami keterlambatan hingga lebih dari seratus menit untuk dilakukan pengecekan kerusakan rangkaian.[18]
Hanya berisi layanan kereta api yang dioperasikan oleh induk perusahaan. Untuk layanan yang dioperasikan oleh anak perusahaan, lihat Templat:KAI Commuter untuk layanan KAI Commuter, Templat:KAI Bandara untuk layanan KAI Bandara dan Templat:KCIC untuk layanan KCIC/Whoosh