Stasiun ini terletak di dalam kompleks Depo Sidotopo yang memiliki luas sekitar 80 hektare. Kompleks ini mencakup beberapa fasilitas, antara lain depo lokomotif, mekanik, kereta penumpang, dan gerbong. Stasiun ini difungsikan khusus untuk kegiatan perawatan dan penyimpanan kereta penumpang, gerbong, lokomotif, serta berbagai sarana khusus lainnya.[4]
Selain jalur yang mengarah menuju Stasiun Benteng, dulunya terdapat pula sebuah jalur yang sangat panjang untuk langsir dan menyimpan kereta barang. Jalur tersebut terdapat pada ujung utara, dan memanjang hingga Wonokusumo sampai sekitar SD Negeri Wonokusumo VI/45,[5] ditandai dengan adanya plang milik PT Kereta Api Indonesia. Namun, jalur tersebut kini telah mati dan terbangun pemukiman padat penduduk.
Pada awal perkembangan jalur kereta api Surabaya-Pasuruan yang selesai dibangun pada tahun 1878, aktivitas perbengkelan dan penyimpanan lokomotif terletak di area emplasemen Stasiun Surabaya Kota. Beriring dengan meluasnya jaringan rel kereta api Staatsspoorwegen (SS) pada dekade 1900-an serta jumlah armada dan ukuran lokomotif yang semakin besar, depo lama tersebut dianggap sudah tidak layak. Selain itu, balai yasa untuk operasi di wilayah timur yang terletak di Madiun (sekarang menjadi INKA) dianggap terlalu jauh dan kurang strategis membuat kebutuhan perusahaan untuk membangun depo baru semakin mendesak.[4] SS menyimpulkan bahwasannya kegiatan perawatan dan perbaikan rutin yang harusnya bisa dilakukan secara berkala di depo-depo yang tersedia pada kenyataanya dilakukan di balai yasa, bersamaan dengan kegiatan perbengkelan gerbong dan kereta, yang menyebabkan balai yasa yang terbatas jumlahnya kewalahan untuk menangani hal tersebut.[6]
Emplasemen Stasiun Sidotopo pada masa Hindia Belanda
Maka dari itu, SS menyiasati dengan membangun sebuah balai yasa yang khusus diperuntukkan perawatan gerbong dan kereta penumpang di Gubeng serta depo lokomotif baru untuk melayani operasi di wilayah timur dan menggantikan peran depo Surabaya Kota pada tahun 1918.[6] Ditentukan bahwa depo induk tersebut akan dibangun di daerah Sidotopo, di mana pada masa itu, daerah Sidotopo merupakan area yang masih berupa sawah dan rawa-rawa yang dilintasi oleh jalur kereta api menujuStasiun Benteng. Depo lokomotif ini sekaligus akan dilengkapi dengan stasiun barang yang memiliki emplasemen besar untuk menampung kesibukan lalu lintas kereta api dari dan menuju pelabuhan,[4] termasuk menampung gerbong barang yang mengangkut gula dari berbagai Pabrik Gula yang berada di Jawa Timur dan sebagian Jawa Tengah.[6]
Pembangunan emplasemen barang diselesaikan terlebih dahulu pada tahun 1921 dan sudah beroperasi semenjak 30 April 1921. Sejak masa Hindia Belanda hingga saat ini, kompleks Stasiun Sidotopo memiliki emplasemen terluas dan terbesar di Indonesia. Pada tahun 1923, depo lokomotif mulai aktif digunakan dan seluruh kegiatan depo di Surabaya Kota dipindah ke Sidotopo.[4]
Depo lokomotif Sidotopo bersamaan dengan depo di Stasiun Purwokerto yang sedikit lebih kecil merupakan depo lokomotif utama dan paling modern pada saat diresmikan, dilengkapi dengan fasilitas terbaik yang melayani lokomotif andalan SS pada masanya seperti lokomotif C28. Sebagai gambaran mengenai sibuknya lalu lalang Stasiun Sidotopo serta kejayaan Staatsspoorwegen pada masanya, stasiun ini mampu menampung hingga 75 lokomotif pada suatu waktu dengan muatan gula yang bernilai total 5 hingga 6 juta gulden dan memperkerjakan lebih dari seribu pegawai.[6]
Tampak depan depo Sidotopo dan armada lokomotif Staatsspoorwegen pada masa Hindia Belanda.
Depo Induk Sidotopo
Di kompleks ini terdapat depo lokomotif yang menjadi tempat penyimpanan dan perawatan untuk lokomotif milik Daerah Operasi VIII Surabaya yang merupakan depo lokomotif terluas di Pulau Jawa. Perawatan yang dilakukan terhadap lokomotif di Depo Sidotopo adalah pemeriksaan harian, perawatan bulanan (P1), perawatan tiga bulanan (P3), perawatan enam bulanan (P6), dan perawatan tahunan (P12).
Selain depo lokomotif, terdapat pula depo kereta dan gerbong di mana Depo Induk Sidotopo menyimpan rangkaian kereta api antarkota basis Stasiun Surabaya Gubeng, kecuali kereta api Jayakarta yang disimpan di Depo Kereta Surabaya Pasarturi; sedangkan rangkaian kereta api antarkota basis Stasiun Surabaya Pasarturi disimpan di Depo Kereta Surabaya Pasarturi.
Stasiun ini juga berfungsi sebagai lokasi penyimpanan berbagai sarana perkeretaapian yang telah memasuki masa konservasi atau telah dihapus dari operasional (afkir). Diantaranya adalah lokomotif diesel hidraulis seperti BB301, BB304, D300D301, dan BB300, serta gerbong barang, kereta rel diesel (KRD), dan kereta penumpang.
Pada 14 Desember 2023, Daerah Operasi 8 Surabaya yang dikepalai oleh Wisnu Pramudyo menyelenggarakan peringatan 100 tahun beroperasinya Depo Sidotopo. Dalam kegiatan tersebut, turut dipamerkan dua lokomotif yang telah dicat ulang dengan corak merah dan biru, serta satu lokomotif lainnya yang menggunakan corak khas Perusahaan Djawatan Kereta Api (PJKA).[7]
Insiden
Pada tanggal 5 Juli 2015, lokomotif dan gerbong-gerbong bekas yang sudah ditumpuk di Stasiun Sidotopo terbakar. Tidak ada korban jiwa dalam kejadian ini, bahkan sarana yang sudah terbakar itu dikabarkan akan dilelang oleh PT KAI. Diduga penyebabnya berasal dari rerumputan dan alang-alang yang terbakar. Tak diketahui bagaimana alang-alang itu terbakar, apakah karena panas atau ada orang yang sengaja membakar sampah sehingga timbul kebakaran.[8][9]
Pada tanggal 4 hingga 6 Januari 2020, muncul asap panas di salah satu titik pada emplasemen Stasiun dan Depo Lokomotif Sidotopo. Suhu tanah pada sumber asap panas tersebut diketahui mencapai 422°C. Pihak Dinas Lingkungan Hidup Kota Surabaya menduga bahwa timbunan batu bara menjadi penyebab munculnya asap panas itu. Timbunan ini diyakini sudah ada sejak Depo Sidotopo masih berstatus sebagai depo lokomotif uap.[10][11]