Terminal Kalimas Baru merupakan titik awal keberangkatan dari 13 trayek angkutan kota yang awalnya melintasi kawasan Jembatan Merah, namun hanya 3 trayek yang melintasi terminal ini. Selain itu terdapat dua trayek lintasan angkutan kota yang mempunyai titik awal keberangkatan dari Halte Ujung Baru dan Bulak Banteng. Angkutan kota tersebut menjangkau kawasan seperti Terminal Benowo, Kenjeran, Karang Menjangan (Airlangga) dan Dukuh Kupang. Angkutan kota ini dilayani oleh armada kendaraan bermerk Suzuki Carry (station) berpintu samping dengan livery berwarna berbeda pada setiap trayek. Berikut adalah trayek angkutan kota yang melintasi Terminal Kalimas Baru.[7][8][9]
Kalimas Barat - Pasar Loak - Tanjungsari - Benowo
Kalimas Barat - Stasiun Kota - Kapasan - Rangkah - Kenjeran
Kalimas Barat - Sidorame - Kedinding Lor - Suramadu - Kenjeran
Ujung Baru - Kalimas Baru - Sidodadi - Karang Menjangan
Bulak Banteng - Kalimas Barat - Demak - Pasar Loak - Banyuurip - Dukuh Kupang