Rute lintasan bus dengan panjang trayek 25km ini dimulai dari terminal ini menuju RS PHC (Prapat Kurung), Simpang Jalan Jakarta (Perak Timur), Gresik Gadukan (Morokrembangan), Simpang Jalan Demak (Dupak), Pasar Loak (Asemrowo), Jalan Tol Surabaya-Gresik, Bundaran Waru, Halte Medaeng dan mengakhiri perjalanan di Terminal Purabaya (Bungurasih). Jadwal keberangkatan bus tersedia mulai pukul 06.00 s.d. 19.00 WIB, dengan interval antar keberangkatan 30 s/d 60 menit sekali.[2][3][4]
Moda transportasi bus antarkota menghubungkan Pelabuhan Ujung dan Pelabuhan Tanjung Perak dengan kota-kota di Pulau Madura melalui jalur darat. Satu-satunya trayek bus antarkota yang melintasi Halte Ujung Baru adalah trayek Surabaya - Madura. Armada yang digunakan berupa kendaraan bus besar berkapasitas 60 penumpang dan berfasilitas kelas ekonomi. Rute lintasan bus dimulai dari halte ini menuju Jembatan Suramadu, Sampang, Pamekasan dan mengakhiri perjalanan di Terminal Arya Wiraraja atau Pelabuhan Kalianget yang terletak di Kabupaten Sumenep. Jadwal keberangkatan bus dari halte ini tersedia mulai pukul 04.00 sampai dengan 16.00 WIB, dengan interval antar keberangkatan sekitar 20 - 40 menit sekali. Berikut merupakan beberapa perusahaan bus penyedia layanan trayek Surabaya - Madura di Halte Ujung Baru (tahun 2021).[9]
Tahun 2010, Dishub LLAJ Jawa Timur mengumpulkan seluruh pengusaha bus yang punya trayek ke Madura dan Organisasi Angkutan Darat (Organda) Angkutan Kota Surabaya untuk membahas penataan bus trayek Surabaya - Madura pasca beroperasinya Jembatan Suramadu. Pertemuan tersebut menghasilkan beberapa kesepakatan. Pertama, bus antarkota diperbolehkan melintasi Jembatan Suramadu, tetapi diwajibkan melintasi Pelabuhan Ujung terlebih dahulu. Kedua, lintasan bus antarkota dimulai dari Tol Surabaya - Perak menuju Pelabuhan Ujung, Halte Barunawati, Petekan, Sidorame, Rangkah, Kedinding, Jembatan Suramadu, Tangkel dan seterusnya. Ketiga, bus antarkota dilarang mengangkut penumpang jarak pendek dalam kota. Keempat, bus antarkota diperbolehkan mengangkut penumpang jarak jauh hanya dari Halte Ujung Baru dan Kedinding Lor.[10][11][12][13]