3 (satu peron sisi yang cukup tinggi, satu peron pulau yang cukup tinggi di tengah bangunan hingga agak merendah di kedua ujungnya, dan satu peron pulau yang agak rendah)
Stasiun ini merupakan stasiun paling ujung di jalur percabangan Kroya-Cilacap dari lintas selatan dan tengah Pulau Jawa. Sekalipun demikian, dari utara jalur kereta api masih berlanjut membelok ke barat, lalu ke utara, dan akhirnya berhenti di area Pelabuhan Tanjung Intan, serta DepotPertamina. Dahulu, setelah melewati depot BBM tersebut, terdapat jalur terusan lagi menuju bekas Stasiun Cilacap Pelabuhan dan diteruskan menuju arah utara ke Stasiun Rawabasum dan mengarah ke Stasiun Gumilir, sehingga membentuk balloon loop seperti di Stasiun Ketapang. Jalur tersebut terakhir beroperasi pada tahun 1945.
Stasiun ini memiliki enam jalur kereta api. Jalur 1 merupakan sepur lurus dari dan ke arah Maos, jalur 2 merupakan sepur lurus dari dan ke arah Cilacap Pelabuhan hingga Depot Pertamina, dan jalur 6 merupakan sepur badug yang jalur masuknya dari arah barat. Namun, hanya jalur 1-4 yang sering digunakan.
Untuk melihat daftar stasiun secara lengkap, dapat mengklik "(Kategori/Daftar)" pada masing-masing daerah atau pranala artikel. Templat ini meringkas daftar stasiun yang dioperasikan oleh KAI (hanya stasiun utama yang diswakelola oleh perusahaan induk) dan operator KA lainnya (hanya pranala).
