Pulau berpenghuni

No.	Pulau	Kabupaten/ kota	Penduduk (2016)[1]	Luas (km²)	Kepulauan
1	Buru	Buru Buru Selatan	192.100		Buru-Ambalau
2	Ambalau	Buru Selatan			Buru-Ambalau
3	Seram	Seram Bagian Barat Maluku Tengah Seram Bagian Timur	569.166		Seram Laut
4	Ambon	Ambon Maluku Tengah	475.996		Ambon-Lease
5	Saparua	Maluku Tengah	32.225		Lease
6	Haruku	Maluku Tengah	24.766		Lease
7	Nusa Laut	Maluku Tengah	5.445		Lease
-	Kepulauan Banda	Maluku Tengah	18.972		Banda
8	Gorom	Seram Bagian Timur	20.653		Gorom
9	Gorom Timur	Seram Bagian Timur	6.807		Gorom
10	Panjang	Seram Bagian Timur	2.073		Gorom
11	Wakate	Seram Bagian Timur	7.433		Watubela
12	Teor	Seram Bagian Timur	2.842		Watubela
13	Kei Besar	Maluku Tenggara	40.710		Kei
14	Kei Kecil	Maluku Tenggara Tual	58.346		Kei
15	Dullah	Tual	57.535		Kei
-	Kepulauan Tayando Tam	Tual	6.336		Kei
-	Kepulauan Kur	Tual	2.483		Kei
16	Kur Selatan	Tual	3.335		Kei
17	Wamar	Kepulauan Aru	34.724		Aru
18	Ujir	Kepulauan Aru	1.105		Aru
19	Wokam	Kepulauan Aru	7.862		Aru
20	Trangan	Kepulauan Aru	14.599		Aru
21	Workai	Kepulauan Aru	4.371		Aru
22	Turturjuring	Kepulauan Aru	418		Aru
23	Panambulai	Kepulauan Aru	371		Aru
24	Barakan	Kepulauan Aru	422		Aru
25	Kobror	Kepulauan Aru	13.621		Aru
26	Lola	Kepulauan Aru	165		Aru
27	Mariri	Kepulauan Aru	300		Aru
28	Karawai	Kepulauan Aru	300		Aru
29	Baun	Kepulauan Aru	447		Aru
30	Wolfat	Kepulauan Aru	258		Aru
31	Koba	Kepulauan Aru	1.117		Aru
32	Maekor	Kepulauan Aru	2.327		Aru
33	Watulei	Kepulauan Aru	236		Aru
34	Aduar	Kepulauan Aru	1.544		Aru
35	Tabar	Kepulauan Aru	783		Aru
36	Kola	Kepulauan Aru	6.991		Aru
37	Sewer	Kepulauan Aru	433		Aru
38	Jursiang	Kepulauan Aru	488		Aru
39	Kongan	Kepulauan Aru	825		Aru
40	Warialau	Kepulauan Aru	790		Aru
41	Buar	Kepulauan Aru	291		Aru
42	Yamdena	Kepulauan Tanimbar	59.697		Tanimbar
43	Larat	Kepulauan Tanimbar	12.411		Tanimbar
44	Selaru	Kepulauan Tanimbar	12.927		Tanimbar
45	Sera	Kepulauan Tanimbar	7.825		Tanimbar
46	Molu Maru	Kepulauan Tanimbar	2.927		Tanimbar
47	Fordate	Kepulauan Tanimbar	5.072		Tanimbar
48	Wetar	Maluku Barat Daya	7.106		Barat Daya
49	Liran	Maluku Barat Daya	986		Barat Daya
50	Kisar	Maluku Barat Daya	14.416		Barat Daya
51	Romang	Maluku Barat Daya	3.976		Barat Daya
52	Moa	Maluku Barat Daya	7.245		Barat Daya
53	Lakor	Maluku Barat Daya	2.109		Barat Daya
54	Letti	Maluku Barat Daya	7.701		Barat Daya
55	Damer	Maluku Barat Daya	5.691		Barat Daya
56	Babar	Maluku Barat Daya	12.183		Barat Daya
57	Marsela	Maluku Barat Daya	2.235		Barat Daya
58	Dawelor Dawera	Maluku Barat Daya	1.516		Barat Daya
59	Sermata	Maluku Barat Daya	5.365		Barat Daya
60	Wetang	Maluku Barat Daya	1.898		Barat Daya

Kota Ternate

• Pulau Maltara
• Pulau Maitara dan Tidore

Kota Tidore Kepulauan

• Pulau Tidore

Kabupaten Pulau Taliabu

• Pulau Samada Besar
• Pulau Seho
• Pulau Empat
• Pulau Limbo
• Pulau Tikong
• Pulau Tabila

Kabupaten Pulau Morotai

• Pulau Sumsum
• Pulau Dodola
• Pulau Ngelengele
• Pulau Tabailenge
• Pulau Kokoya
• Pulau Kolorai

Kabupaten Kepulauan Sula

• Pulau Pagama
• Pulau Ngofa Nini

Kabupaten Halmahera Utara

• Pulau Tagala
• Pulau Kakara
• Pulau Kumo
• Pulau Rorangane
• Pulau Meti
• Pulau Pasirtimbul
• Pulau Pawole

Kabupaten Halmahera Selatan

Kabupaten Halmahera Timur

• Pulau To
• Pulau Plum
• Pulau Lewi
• Pulau Woto
• Pulau Sai

Kabupaten Halmahera Tengah

• Pulau Sayafi (Sajafi Island)
• Pulau Luwo
• Pulau Moor
• Pulau Mtum Ya
• Pulau Dua
• Pulau Yevi
• Pulau Kuleyefo (Pulau Imam)

Kabupaten Halmahera Barat

• Pulau Babua
• Pulau Damar
• Pulau Pastofiri