Stasiun berperon pulau ini memiliki empat jalur kereta api tanpa wesel silang. Empat jalur merupakan pertemuan sepasang jalur ganda dari arah barat laut (Jakarta Kota) dan timur laut (Tanjung Priok). Dari situ, semua jalurnya bergerak ke selatan menuju Cikampek. Jalur ke arah Stasiun Kemayoran merupakan jalur dwiganda. Jalur rel ke Tanjung Priok kini sudah bersih, tak seperti tahun-tahun sebelumnya. Walaupun jalur ke Tanjung Priok difasilitasi dengan kabel LAA, untuk saat ini jalur ini belum melayani kereta api komuter Commuter Line serta hanya melayani perjalanan kereta api barang dari dan ke Stasiun Tanjung Priok atau Stasiun Pasoso.
Peron stasiun ini sudah ditinggikan dan dipanjangkan serta ditambahkan atap kanopi di atasnya agar para pengguna KRL tidak kepanasan saat cerah maupun basah kuyup saat hujan. Di depan stasiun ini terdapat banyak pedagang kaki lima, sehingga penumpang KRL yang turun di sini bisa singgah untuk makan sembari menunggu angkutan umum.
C06
P Lantai peron
Jalur 4
←
Jalur berjalan langsung kereta api ke arah Tanjung Priok
Jalur 3
Jalur berjalan langsung kereta api ke arah Kemayoran
↑Sugiana, A.; Lee, Key-Seo; Lee, Kang-Soo; Hwang, Kyeong-Hwan; Kwak, Won-Kyu (2015). "Study on Interlocking System in Indonesia"(PDF). Nyeondo Hangugcheoldohaghoe Chungyehagsuldaehoe Nonmunjib (Korean Society for Railway) (46). Diarsipkan dari asli(PDF) tanggal 2020-02-27. Diakses tanggal 2020-05-09.
