Rencana peleburan
Pada tahun 2022 seiring perubahan pola operasional Commuter Line Jabodetabek, muncul isu peleburan Stasiun Karet dengan Stasiun Sudirman Baru (BNI City). Menanggapi isu tersebut, KAI Commuter menyatakan bahwa Stasiun Karet tidak ditutup dan tetap melayani penumpang.[3][6]
Pada 2 Januari 2025, Menteri BUMN Erick Thohir memberikan pernyataan "Mungkin di (Stasiun) Karet, ditutup". Peleburan Stasiun Karet dilakukan karena kondisi stasiun yang sudah tidak memenuhi standar, terutama terkait dengan peron yang sempit yang menimbulkan risiko keselamatan bagi pengguna.
Pada saat yang sama, Rudi As Aturridha, Direktur Pengembangan Usaha dan Kelembagaan PT KAI mengatakan bahwa letak yang terlalu dekat dengan Stasiun Sudirman Baru juga menjadi pertimbangan penting dalam rencana tersebut. Pertimbangan lainnya adalah agar seluruh layanan Commuter Line yang menggunakan lintas Tanah Abang–Manggarai, termasuk Lin Bandara Soekarno-Hatta maupun Lin Cikarang memiliki waktu tempuh yang lebih cepat.[7]
Guna mempersiapkan rencana tersebut, Pemprov DKI membangun trotoar yang berada di tepi sungai Ciliwung, serta dilakukan pembongkaran sebagian tembok Stasiun Sudirman Baru pada sisi barat daya untuk menjadi akses baru bagi pengguna dari dan menuju Jalan K.H. Mas Mansyur. Selain itu akses jalan dari dan menuju Stasiun Sudirman Baru akan dilengkapi area komersial.[8]
Akan tetapi, rencana tersebut ditolak oleh pengguna Commuter Line yang bekerja di kawasan yang lebih dekat dengan Stasiun Karet.[9]
Pada 8 Januari 2025, Direktur Jenderal Perkeretaapian, Risal Wasal, menyatakan bahwa rencana peleburan Stasiun Karet tersebut masih dalam tahap diskusi.[10] Pada 30 Januari 2025, Direktur utama KAI Commuter, Asdo Artriviyanto, dalam konferensi pers di kantor KAI Commuter di Stasiun Juanda, Jakarta menyatakan bahwa integrasi kedua stasiun akan dimulai pada April 2025 tetapi tidak dirinci tanggal pasti dari rencana tersebut. Setelah integrasi tersebut, naik turun penumpang hanya akan dilayani di Stasiun Sudirman dan Sudirman Baru.[11]