Stasiun Duren Kalibata dahulunya bernama Halte Tjililitan pada zaman kolonial Belanda. Nama stasiun ini saat ini kemungkinan diambil dari sebuah sentra penjualan durian yang hanya terletak sekitar 550 meter dari stasiun ini, di Jalan Raya Kalibata, Kalibata, Pancoran, Jakarta Selatan.[3]
Stasiun ini lebih lazim disebut Stasiun Kalibata saja oleh masyarakat, tanpa nama Duren. Penyebutan nama lengkap stasiun umumnya hanya dilakukan untuk pengumuman kedatangan kereta api di stasiun dan kepentingan formal lainnya.
Stasiun Duren Kalibata mempunyai akses penyeberangan berupa underpass yang terletak di tengah-tengah stasiun. Akan tetapi disebabkan letak underpass yang cukup jauh dari pintu masuk, penumpang nonprioritas tetap diperbolehkan menyeberang di penyeberangan yang lama dengan memperhatikan situasi dan kepadatan stasiun.
Sabtu, 6 Juli1986, sebuah rangkaian KRL Jabotabek anjlok di emplasemen stasiun ini. Seorang penumpang tewas terjepit dan beberapa lainnya luka-luka akibat kejadian ini.
