Pada 4 Oktober2012, KRL Commuter Line tujuan Jakarta Kota anjlok di peron Stasiun Cilebut. Evakuasi berlangsung selama 8 jam, sekitar 48 jadwal perjalanan terganggu. Tidak ada korban jiwa dalam insiden ini.[3]
Pada 30 Agustus2022, sebuah mobil angkutan umum kota (angkot) dengan nomor rute 08 jurusan Citeureup-Pasar Anyar diduga mengalami rem blong di perlintasan kereta api di Jalan Kebon Pedes di petak Bogor-Cilebut. Angkot pun tertabrak KRL Commuter Line arah Jakarta Kota dengan nomor KA 4073 hingga terguling ke pinggir rel. Beruntung sang sopir sempat berhasil keluar sebelum angkot tersebut ditabrak.[4] Akibatnya, beberapa perjalanan KRL mengalami pengalihan sehingga terjadi penumpukan penumpang di Stasiun Bogor dan sejumlah stasiun lainnya.[5]
