Awalnya, stasiun kereta api ini memiliki dua jalur kereta api dengan jalur 2 merupakan sepur lurus. Sejak pengoperasian jalur ganda Parung Panjang—Maja per Mei 2012, tata letak stasiun ini berubah dengan jalur 2 eksisting dijadikan sepur lurus arah Rangkasbitung dan jalur 1 eksisting dijadikan sepur lurus arah Tanah Abang.[4] Stasiun ini, sejak tanggal 17 April 2013, sudah melayani KRL Commuter Line AC tujuan Stasiun Tanah Abang dan sudah dilintasi jalur ganda.[5] Bangunan stasiun ini masih asli sejak berdirinya pada 1899, meski di bagian depan sudah banyak mengalami perubahan.
Untuk meningkatkan keselamatan pengguna jalan, saat ini di sebelah timur stasiun ini dibangun jalan layang (flyover) dan jembatan penyebrangan orang (JPO) untuk menggantikan perlintasan sebidang yang pernah ada. Pembangunan dilakukan tanpa menggunakan APBD. Perlintasan baru pun dibuatkan di sisi timur jalan tersebut.[6] Jalan layang tersebut diresmikan pada 22 Oktober 2025 dengan nama Flyover Soebianto. Dengan dibangunnya jalan layang ini, peron Stasiun Tenjo pun diperpanjang ke arah timur, mengakomodasi rangkaian KRL yang lebih panjang.[7]
