Di Batu Gantung

Sekitar pukul 5 sore, saksi mata melihat sebuah truk dengan sekitar lima puluh pemuda Kristen di dalamnya berhenti di Batu Gantung, Nusaniwe; semuanya membawa pisau panjang. Setelah itu Batu Gatung diserang dari segala penjuru, tetapi penduduknya tetap bertahan sampai aparat datang. Sayang, serangan terjadi 2 kali lagi sampai tanggal 20, dan 120 rumah terbakar. Salah seorang penduduk Batu Gantung berlari menghampiri aparat dan berteriak, “Mengapa kalian membiarkan mereka menyerang padahal kalian memerintahkan kami untuk mundur?” Aparat hanya menyuruhnya untuk tenang.^[12]

Sekitar 240 keluarga mengungsi ke kampung-kampung Muslim terdekat, termasuk Talake Atas, Taman Hiburan Rakyat di Waihaong, dan barak polisi di Perigi Lima. Tidak ada korban jiwa, tetapi empat orang terluka dalam serangan itu, satu di antaranya luka berat.Pembakaran terjadi di beberapa pemukiman Muslim, membakar rumah, pasar, sekolah dan tempat ibadah migran Bugis, Buton, Jawa, dan beberapa orang Ambon. ^[9][12]

Kerusuhan meluas ke daerah Hitu, Wakal, dan Mamalang dengan sasaran orang-orang Kristen dan menghancurkan gereja.^[9]

Benteng Karang

Benteng Karang adalah desa Kristen yang berada didekat Kota Passo. Sebagian besar penduduk desa berasal dari Maluku Tenggara. Sekitar pukul 9:00 pagi dini hari, seorang polisi menghubungi seorang warga Benteng Karang dan mengatakan bahwa banyak massa dari Mamala, Morela, Hulana, Hitu-Missin, dan Wakal akan menyerang. Sebuah kendaraan patroli polisi kemudian datang dengan pesan yang sama dan mengatakan bahwa massa sudah di Telagakodok, di mana mereka menyerang secara selektif sebelum serangan ke Benteng Karang. Lebih dari 150 pengungsi ditempatkan di Detasemen Zeni Tempur 5.^[12][13]

Saat siang, Desa Benteng Karang diserang. Warga Benteng Karang berkumpul di depan gereja mereka, tetapi kurang dari 20 menit massa sudah memasuki Benteng Karang. Mereka menggunakan bom ikan untuk mengebom gereja mereka, kemudian mereka menuangkan bensin ke tiga gereja lainnya dan membakarnya, tindakan ini menewaskan 16 orang. Sekelompok orang Hitu juga menyerang Passo, namun mereka pulang setelah didamaikan oleh tokoh masyarakat setempat.^[12]

Tindakan lainnya

Pada siang tanggal yang sama, peserta perkemahan Alkitab dengan >100 peserta di Hila diserang, membunuh 4 orang dan merampok sisanya sebelum pergi. Ada 6 orang lain yang dibunuh di Hila oleh milisi Wakal. Hila juga diserang hari itu, tetapi penduduk desa mendapat bantuan dari orang-orang Muslim Kaitetu. Lebih dari 60 rumah hancur, 1 orang tewas dan 8 lain hilang. Gereja Imanuel dari tahun 1780 hancur. ^[9][13][14]

Di area Hative Besar, ketegangan antara Kristen dan Muslim makin menjadi. Ketegangan dimulai dari Desember tahun lalu saat seorang pemuda Kristen membunuh seorang polisi saat mabuk. Setelah negosiasi ataupun sosialisasi tidak jalan, mulailah 100 milisi Kristen Wailete merusuhi Kamiri dan membakar sebuah toko. Pertempuran terjadi di suatu masjid di mana Muslim Kamiri mempertahankan masjidnya. Subuh tanggal 21, Muslim Kamiri membakar selusin rumah dan Kristen membakar seluruh Kamiri. Seluruh warga Kamiri mengungsi ke markas militer Grup C Batalyon 733.^[12]

22-24 Januari

23 Januari, bentrokan pecah antara massa dan aparat, di mana aparat diizinkan menembak. Ini memicu pelanggaran HAM dan dugaan keberpihakan aparat.^[9] Hari itu juga, seorang perwira Kostrad, I Gusti Ngurah Hartawan, mati saat menjaga Desa Benteng yang sebagian besar Kristen. Menurut warga, saat sekelompok milisi Bugis sedang menyerang desa itu, Kostrad membantu para milisi dengan menembaki warga desa, membunuh satu orang dan melukai 5. Jadi sekelompok pemuda mencoba merebut senjata Hartawan, tetapi Hartawan dan seorang pemuda mati dalam perkelahian itu. 11 pemuda diadili karena ini.^[12]

Setelah pasukan tambahan datang, konflik secara keseluruhan sempat mereda, tapi ini belum selesai. Kelompok-kelompok yang bertikai memblokade wilayah masing-masing.^[9]

Haruku

Di Pulau Haruku, kerusuhan dimulai tanggal 13 Februari, ketika seorang Kristen dari Kariu, membakar sebuah rumah tepat di perbatasan Kariu dengan desa Muslim Pelauw dengan tujuan membuat kerusuhan. Penduduk Aboru dan Kariu menuduh penduduk Muslim Pelauw sebagai pelakunya. Sekitar pukul 5:00 pagi keesokan harinya, rumah lainnya dibakar. Baik Kariu maupun Pelauw tegang. Di Pelauw, orang-orang bersiap untuk jihad.^[12]

Tiba-tiba Kariu dikepung oleh militan dari Pelauw, Ori, Kailolo, dan Kulor & Tulehu dari Saparua.^[12]

Ketika kedua pihak saling bunuh, aparat melepaskan tembakan ke arah milisi Pelauw. Milisi Kristen menembak pihak Muslim, dan kemudian milisi Muslim membakar Kariu. Lima belas milisi Muslim tewas akibat luka tembak.Selain itu, di Kariu empat orang lansia meninggal saat melarikan diri. Orang-orang dari Hulaliu mencoba membantu Kariu, tetapi mereka bentrok dengan tentara di dekat Ori membunuh antara 12 sampai 15 pemuda. Sore 16 Februari, semua penduduk Kariu telah mengungsi ke hutan atau ke desa Aboru. Mereka meninggalkan gereja mereka, yang dibakar habis walau dijaga tentara, dan yang tersisa hanyalah menara dengan bendera putih berkibar di atasnya.^[12]

Anehnya, seminggu sebelum serangan Kariu, telah diadakan pertemuan di Pelauw, dan kaum pria mulai mencukur kepala mereka seolah-olah sebagai persiapan perang. Selain itu, pos militer antara Pelau dan Kariu dibongkar sebelum serangan dan dipindahkan ke tempat baru antara Ori dan Hulaliu. Jadi ketika Muslim Saparua datang, tidak ada yang menghalangi mereka.^[12]

Setelah kerusuhan di Pulau Haruku, aparat mulai suka menembak (Dengan amunisi asli), dan akibatnya jumlah korban tewas meningkat tajam dan memperkuat ketidakpercayaan publik pada negara.^[12][9]

Pada 13 Maret, Paus Yohanes Paulus II mengecam konflik ini sebagai yang "menjungkirbalikkan harmoni tradisional untuk hidup berdampingan antara umat Kristen dan Muslim"^[15]

Kepulauan Kei, Maret-April

Pada Maret-April 1999, konflik menyebar ke Kepulauan Kei, dimulai dari pertengkaran bernuansa agama. membuat sekitar 200 orang mati di daerah Tual dan Kei Besar. Karena tentara di Kei sangat sedikit, sekitar 1000 tentara dikirim dari Ambon untuk mengamankan situasi. Puluhan ribu warga telah mengungsi.^[9][16] Dari tanggal 30 Maret hingga 3 Mei 1999, sejumlah besar desa Muslim dan dua desa Kristen dihancurkan di Kepulauan Kei (di pantai barat Kei Kecil). ^[11]

Kerusuhan Juli dan Agustus dari Poka

Warga setempat di Ambon, telah menyatakan kekhawatiran bahwa sebagian pasukan keamanan ditarik selama jeda kekerasan selama dua bulan. Banyak warga setempat masih takut akan serangan balasan dari orang-orang di kedua belah pihak.^[18]

Dari Januari hingga 23 Juli 1999, desa Poka berhasil lolos dari kerusuhan. Kepala Desa (Raja) mengatur pertemuan rutin antara Muslim dan Kristen untuk membahas kebutuhan dan kekhawatiran bersama. Peronda malam gabungan Muslim-Kristen berjumlah 10 orang berpatroli setiap malam, sepanjang malam, untuk mencegah eskalasi dari perselisihan kecil. Ada kerukunan antara Kristen dan Muslim di Poka dan keyakinan bahwa mereka dapat menahan kekerasan yang tidak dapat dihindari oleh banyak desa lain.^[11]

Pada pukul 8 malam tanggal 23 Juli 1999, perkelahian terjadi antara pemuda Kristen dan Muslim, beberapa di antaranya tampak mabuk. Lalu, banyak yang terlibat. Dalam waktu 5-7 menit setelah perkelahian dimulai, aparat tiba. Mereka berpura-pura mencoba menghentikan perkelahian dengan menembakkan banyak peluru ke udara. Hal ini menyebabkan kepanikan. Semua orang Kristen melarikan diri ke gereja. Menurut mereka, militer malah memperburuk keadaan, dalam situasi di mana tidak akan sulit bagi sekelompok tentara untuk menghentikan sekelompok pemuda mabuk dari perkelahian tanpa menembakkan peluru tajam. Seorang warga Jakarta-Ambon mempereparah situasi dengan menjadi provokator dan perakit bom. Seorang pendeta setempat menangkapnya. Pendeta itu membawanya ke kantor polisi. Dalam 2-3 hari, polisi membebaskan dia. Seminggu kemudian, seorang jemaat pendeta tersebut kembali menangkapnya. Jemaat ingin membunuhnya. Pendeta melarang hal itu, dan membawanya ke polisi lain. Sekali lagi, ia segera dibebaskan. Kerusuhan dimulai, Banyak bangunan di Poka dibakar, dan kerusuhan itu mulai menyebar kembali ke kota Ambon.^[11].

Perusuh membakar mall terbesar di Ambon, dan bisnis Tionghoa mulai ditarget^[11][18]. Insiden Galala pun terjadi, di mana aparat memasuki sebuah gereja di Galala dan membunuh 24 orang pengungsi^[19].