Hingga saat ini peristiwa pembakaran Plaza Sentral Klender masih cenderung simpang siur, karena belum adanya investigasi resmi dari lembaga berwajib untuk mengusut pembakaran yang memakan korban ratusan jiwa ini.[11] Namun, dari beberapa sumber pihak non-pemerintah maupun keluarga korban, peristiwa tersebut dapat digambarkan sebagai berikut.
14 Mei 1998
Seiring kerusuhan yang mulai melanda Jakarta pada 13 Mei, keesokan harinya, manajemen Plaza Sentral Klender memutuskan untuk menutup mal tersebut untuk mencegah hal-hal yang tidak diinginkan. Kebetulan, pada hari yang sama, banyak siswa SMA yang dipulangkan lebih awal. Namun, entah apa penyebabnya, di sekitar Klender kemudian para pelajar tersebut terlibat bentrok dengan sekelompok "pemuda" lain yang memiliki ciri khas: berwajah agak tua dan badannya kekar, mulai jam 10:40 (atau 11:30) WIB. Bentrok mereka kemudian terpusat ke Plaza Sentral Klender, yang mengundang perhatian masyarakat, yang gerah akan aksi dua kelompok "pemuda" tersebut dan berusaha membubarkan mereka. Di tengah tawuran tersebut, seseorang mulai membakar ban. Tidak lama kemudian, sekitar jam 12:00 WIB, terjadi bentrokan lagi antara para pelajar dengan sekitar 20 orang yang berkumpul di Plaza Sentral Klender (dengan ciri khas yang sama: wajah tua, badan kekar/atletis, dan rambut cepak). Bentrokan tersebut menyebabkan para pelajar masuk ke area mal untuk menghindari "pemuda" (dengan ciri khas) yang menyerang mereka dengan besi dan kayu. Pada jam 12:30 WIB, muncul massa lain (sekitar 50 orang) yang mulai melempari mal tersebut dan pertokoan di sekitarnya. Dengan pentungan mereka, mereka lalu meneriakkan kepada masyarakat untuk menjarah Plaza Sentral Klender "...karena itu punya Cina".[3][2][12]
Masyarakat lalu berbondong-bondong memasuki Plaza Sentral Klender dan menjarah apapun yang ada di dalamnya tanpa bisa dikendalikan, tanpa adanya tindakan dari aparat keamanan. Dua jam setelah penjarahan dimulai, pada 14:00 WIB muncul massa lain dengan jaket yang turun dari truk Mitsubishi Fuso dari arah Pondok Kopi. Mereka memiliki ciri-ciri serupa dengan "pemuda" misterius yang terlibat tawuran sebelumnya: berambut cepak, tetapi mengaku sebagai "mahasiswa" atau "siswa SMA".[13] Menurut salah satu keluarga korban dan saksi mata, Ruminah, ada juga dari mereka yang berambut gondrong, bertato, membawa jerigen dan handy-talkie.[3] Massa misterius itu lalu mulai menumpahkan minyak tanah ke tumpukan kasur dan pakaian yang ada di tengah mal, dan kardus di luar mal, lalu membakarnya.[14] Dengan cepat, sekitar pukul 14:00 WIB, api membesar, dari dua titik api kecil yang awalnya dinyalakan perusuh untuk menerangi mal yang minim pencahayaan tersebut. Para pembakar itu kemudian naik truk kembali ke arah Kampung Melayu.[3][2]
Memasuki jam 15:30 WIB, api yang mulai melahap isi gedung membuat para penjarah dan masyarakat panik. Banyak orang, termasuk perempuan dan anak-anak, mulai berusaha keluar, terutama yang terjebak di lantai atas. Asap tebal membuat banyak di antara mereka terjebak. Yang berani, berusaha keluar, entah dengan dibantu tali dan peralatan seadanya oleh warga,[15] atau memecahkan kaca dan melompat ke bawah yang banyak di antaranya membuat mereka terluka atau tewas.[16] Pada jam 17:30 WIB api melahap seluruh isi gedung. Namun, upaya masyarakat menyelamatkan yang masih tersisa, dihalangi oleh beberapa orang dan pintu yang dikunci. Pada jam 21:30 WIB, api mulai padam setelah hujan mulai mengguyur Jatinegara dan sekitarnya.[2]
15 Mei 1998
Banyak korban yang mengalami luka-luka dan harus dibawa ke beberapa rumah sakit, salah satunya RSUP Persahabatan.[17] Pagi keesokan harinya, pada pukul 08:30 WIB, sekelompok relawan dari PMI masuk dan mulai mengeluarkan mayat-mayat, yang secara tragis di antara mereka sudah banyak menjadi arang, menghitam, dan tidak bisa teridentifikasi. Mayat itu lalu dibawa ke Rumah Sakit Cipto Mangunkusumo, Jakarta Pusat. Beberapa mayat tersebut ada yang berhasil dibawa pulang oleh keluarganya dan dimakamkan di TPU Penggilingan, Pondok Kelapa, Cipinang Muara, Kampung Jati, dan Tanah Koja,[2] sedangkan yang tidak teridentifikasi dikuburkan dalam makam massal yang ada di TPU Pondok Rangon.[17] Sedangkan Plaza Sentral Klender yang sudah hangus, kemudian dijaga oleh tentara pada 16 Mei 1998. Masih banyak warga yang terus masuk sampai beberapa hari kemudian untuk mencari sanak keluarga mereka yang menghilang pasca-peristiwa ini.[2]
Selain korban jiwa, pembakaran Plaza Sentral Klender juga menyebabkan kerugian besar pada berbagai pihak lain. Yogya Departement Store, sebagai penghuni utama mal, mengalami kerugian besar karena ludesnya barang-barang jualan akibat dijarah atau terbakar, meskipun mereka bisa mengatasinya dengan bertanggung jawab pada para penyalur.[18] Penulis dan jurnalis Iwan Gayo juga merugi besar, karena proyek Ensiklopedi Tanah Air yang dirintisnya lenyap akibat peristiwa tersebut. Hal ini karena kantor tempatnya menyimpan proyek tersebut, ikut dijarah/terbakar dalam peristiwa ini.[8]