Fanny pernah meniti karier sebagai tentara. Ia masuk Akademi Angkatan Laut pada 1961 dan mengikuti Instructor Course United States Naval Training Center, San Diego, California, Amerika Serikat, pada 1964.
Pulang dari Amerika Serikat, Fanny memutuskan berhenti dari korps Angkatan Laut pada 1965 dengan pangkat terakhir kapten.Ia kemudian meniti karier sebagai birokrat.
Empat tahun menjadi duta besar di Inggris, Fanny dipanggil pulang ke Tanah Air. Ia diminta menjadi Kepala Badan Otorita di Batam. Ketika kakaknya, B.J. Habibie, menjadi Presiden, ia memilih mengundurkan diri pada keesokan harinya untuk menghindari tuduhan korupsi, kolusi, dan nepotisme.
Fanny meninggal dunia pada tanggal 12 Maret 2012 pada usia 74 tahun, akibat serangan jantung yang di deritanya. Fanny meninggalkan istri dan 3 putranya.
_Bintang_Mahaputera_Utama.png){kind=small}
_Bintang_Jalasena_Pratama.png){kind=small}
_Satyalencana_Dwidya_Sistha.png){kind=small}
_Satyalencana_Pembangunan.png){kind=small}
