Kedua negara telah menjalin hubungan diplomatik langsung sejak tahun 1853.[2] Setelah kontak yang lebih intensif pada abad ke-16 dan ke-17, hubungan bilateral baru meningkat lagi dalam beberapa dekade terakhir dan sekarang dianggap tidak bermasalah dan semakin bersahabat.
Meskipun ada Perjanjian Tordesillas antara Portugis dan Spanyol pada tahun 1494, sejumlah besar pedagang, pengrajin, tentara bayaran, dan seniman Portugis juga mencoba peruntungan mereka di wilayah Amerika Selatan yang telah diserahkan kepada Spanyol, termasuk Peru, yang dikenal karena kekayaan peraknya yang luar biasa. Beberapa nama di Peru berasal dari kehadiran Portugis, seperti La Portuguesa, sebuah tambang di anak sungai Sungai Santa, urat perak yang disebut "Portugués" di provinsi Cajamarca, atau jalur bijih yang disebut "Portuguesa" di Chuschi.[3]
Pada tahun 1620, buku Descrición General del Piru, em Particular de Lima diterbitkan secara anonim oleh penulis Portugis Pedro Leão Portocarro. Ditulis dalam bahasa Spanyol tetapi diselingi dengan banyak kebiasaan Portugis, karya ini berisi deskripsi geografis, ekonomi, dan sosial yang luas. Oleh karena itu, ini merupakan sumber penting tentang Peru pada abad ke-17.[4]
Pada paruh kedua abad ke-16, sejumlah besar orang Portugis datang ke Peru. Di Pillpinto, sebuah desa di Sungai Apurímac dekat Cuzco, cerita masih beredar di kalangan penduduk bahwa pada masa pemerintahan Kewizuraian Peru, desa tersebut dihuni oleh pedagang Portugis berambut pirang dan bermata hijau selama bertahun-tahun. Di ibu kota Peru, Lima, jalan perbelanjaan utama yang dikenal sebagai Calle de los Mercaderes didominasi oleh pedagang Portugis hingga mereka menghilang setelah Grande Cumplicidade pada tahun 1659.[5]
Peru, yang merdeka dari Spanyol pada tahun 1821, dan Kerajaan Portugal, yang kehilangan koloni terbesarnya dengan negara tetangga Peru, Brasil, pada tahun 1822, menjalin hubungan diplomatik pada tahun 1853 dengan perjanjian perdagangan dan pelayaran (bahasa Spanyol:Tratado de comercio y navegacióncode: es is deprecated ).[6] Hubungan bilateral hanya berkembang perlahan sejak saat itu. Pada tahun 1945, Portugal membuka kedutaan tetapnya sendiri di Lima.[2] Peru dan Portugal telah bekerja sama sejak tahun 1991 dalam kerangka KTT Ibero-Amerika.
Pada tahun 2019, Portugal berada di peringkat ke-48 dalam peringkat pasar tujuan ekspor Peru. Pada tahun 2018, pengiriman produk Peru ke Portugal mencapai US$46 juta, melaporkan pertumbuhan hampir 70% dibandingkan tahun 2017, ketika ekspor nasional berjumlah 27 juta.[8]