Selama Intervensi Prancis Kedua di Meksiko, Prancis membawa tanaman vanili dari Meksiko ke Madagaskar (dan tempat lain) untuk ditanam, yang kemudian menjadikan Madagaskar salah satu produsen vanili terbesar di dunia.[2] Pada bulan Juni 1960, Madagaskar memperoleh kemerdekaannya dari Prancis. Setahun kemudian, pada tahun 1961, Presiden Meksiko Adolfo López Mateos mengirimkan delegasi niat baik presiden, yang dipimpin oleh Utusan Khusus Alejandro Carrillo Marcor dan Delegasi José Ezequiel Iturriaga, untuk mengunjungi Madagaskar dan membuka jalan bagi pembentukan hubungan diplomatik antara kedua negara.[3]
Madagaskar dan Meksiko menjalin hubungan diplomatik pada tanggal 26 Desember 1975.[1] Sejak terjalinnya hubungan diplomatik, hubungan antara kedua negara terbatas dan hanya terjadi di forum multilateral seperti Perserikatan Bangsa-Bangsa.[1] Pada tahun 2005, Meksiko menunjuk perwakilan non-residen pertama yang menyerahkan surat kepercayaan dan merangkap sekaligus untuk Madagaskar.[4]
Pada bulan November 2010, Menteri Lingkungan Hidup Madagaskar, Herilanto Raveloharison, melakukan kunjungan ke Meksiko untuk menghadiri Konferensi Perubahan Iklim Perserikatan Bangsa-Bangsa 2010 di Cancún.[5] Pada bulan April 2014, Menteri Keuangan dan Anggaran Madagaskar, Lantoniaina Rasoloelison, melakukan kunjungan ke Meksiko.
Pada bulan November 2016, delegasi Meksiko yang dipimpin oleh Utusan Khusus (dan Duta Besar Meksiko untuk Prancis) Juan Manuel Gómez Robledo dan Direktur Jenderal untuk Eropa Francisco del Río menghadiri konferensi Organisation internationale de la Francophonie di Antananarivo sebagai pengamat.[6][7]
Pada tahun 2016, Meksiko membuka konsulat kehormatan di Antananarivo.[8] Pada tahun 2023, kedua negara merayakan 48 tahun hubungan diplomatik.[9]
Kunjungan tingkat tinggi
Kunjungan tingkat tinggi dari Madagaskar ke Meksiko[5]
Menteri Negara Lingkungan Hidup Herilanto Raveloharison (2010)
Menteri Keuangan dan Anggaran Lantoniaina Rasoloelison (2014)
Kunjungan tingkat tinggi dari Meksiko ke Madagaskar[3][6]
Meksiko merangkap sekaligus untuk Madagaskar melalui kedutaan besarnya di Pretoria, Afrika Selatan, dan memiliki konsulat kehormatan di Antananarivo.[12]