Pandemi COVID-19 pertama kali terdeteksi di Kalimantan Utara pada 28 Maret 2020, setelah pulangnya 2 orang peserta Ijtima Ulama Dunia 2020 asal Tanjung Selor dan Tarakan. Kecuali Kabupaten Tana Tidung, kasus COVID-19 sudah menyebar ke semua kabupaten dan kota. Sampai dengan 23 April 2020 terdapat 77 kasus di Kalimantan Utara, dengan 2 kasus di antaranya sembuh, sementara 1 kasus lainnya meninggal dunia. Bersama dengan tetangganya Kalimantan Timur yang juga mencatat 1 kematian, Kalimantan Utara menjadi wilayah dengan angka kematian COVID-19 paling rendah di Pulau Kalimantan. Namun, jumlah kasus per kapita cukup tinggi, karena jumlah penduduknya yang paling sedikit dari semua provinsi di Indonesia.