Kepala Badan Pengelola BUMN dijabat oleh Menteri Negara Pendayagunaan Badan Usaha Milik Negara. Kepala Badan dibantu oleh 5 deputi dan staf ahli. Deputi Badan Pengelolan BUMN terdiri dari Deputi Administrasi, Deputi Usaha Kompetif, Deputi Usaha Industri Strategis, dan Deputi Privatisasi dan Restrukturisasi.[2] Jabatan ini berakhir pada 13 Oktober 1998 bersamaan dengan pembubaran lembaga ini.
Kepala Badan Pengaturan BUMN dibentuk setelah jabatan Menteri BUMN dan lembaga Kementerian BUMN dihapuskan pada 2 Oktober 2025. Pejabat perdana untuk lembaga ini ialah Dony Oskaria dibantu oleh Wakil Kepala Badan Pengaturan BUMN, yakni Aminuddin Ma'ruf dan Tedi Bharata.[1]