Stasiun Cipeundeuy dibuka pada tahun 1893 oleh Staatsspoorwegen (SS). Di awal-awal operasinya, SS menempatkan F.W.J. Mansvelt sebagai kepala stasiunnya.[4] Meskipun secara fisik tampak sebagai stasiun kecil, semua kereta api yang melintasi stasiun ini diwajibkan berhenti di stasiun ini. Tujuannya adalah untuk pemeriksaan rem atau penambahan lokomotif karena petak jalan yang mengapit stasiun ini merupakan petak yang cukup terjal naik-turunnya.[5]
Rutinitas ini sudah dilakukan sejak zaman Hindia Belanda hingga saat ini. Namun, mulai awal dekade 1990-an, rutinitas pemeriksaan rem ini sempat ditiadakan karena dianggap tidak efisien dan banyak terdapat pedagang asongan di stasiun ini. Penghapusan rutinitas pemeriksaan rem ini berkontribusi pada terjadinya kecelakaan KA gabungan Galuh dan Kahuripan yang mengalami kecelakaan selepas dari stasiun ini pada tengah malam pada 24 Oktober 1995, di dekat Jembatan Trowek. Pada saat jalur menurun, rem KA menjadi blong, sementara jalur di depannya juga menanjak sehingga KA akhirnya terperosok ke dalam jurang yang cukup dalam dan mengakibatkan korban meninggal dan luka-luka, kebanyakan yang meninggal adalah penumpang yang panik dan melompat tanpa menyadari bahwa kereta telah masuk jurang.[6] Sejak saat itulah, untuk menghindari kejadian serupa, semua KA yang akan ke timur maupun ke barat kembali diwajibkan untuk berhenti di stasiun ini. Saat penumpang berhenti, penumpang dapat turun hanya di sekitar stasiun dan diimbau masuk kembali setelah pemeriksaan sarana kereta selesai dalam 10 menit.[5]
Stasiun Cipeundeuy masih melayani naik turun penumpang karena pemesanan tiket dari stasiun ini masih dapat dilakukan secara daring, baik melalui situs resmi KAI, Access by KAI, maupun kanal eksternal lain. Pemesanan tiket juga sempat tersedia melalui loket penjualan (go show) di Stasiun Cipeundeuy sebelum akhirnya ditutup mulai 1 Januari 2025 bersama dengan Stasiun Leles dan Stasiun Cibatu. Pembelian tiket kereta api pun dialihkan melalui mesin tiket otomatis (loket box) yang tersedia di stasiun.[7]
Bangunan dan tata letak
Stasiun ini memiliki tiga jalur kereta api dengan jalur 1 merupakan sepur lurus.
Jalur 3
←
Sepur belok
→
Jalur 2
←
Pemberhentian kereta api antarkota
→
Peron pulau
Jalur 1
←
Sepur lurus
→
Pemberhentian kereta api antarkota
Peron sisi
G
Bangunan utama stasiun
Layanan kereta api
Berikut ini adalah layanan kereta api yang berhenti di stasiun ini sesuai Gapeka 2025 revisi per 1 Mei 2026.[8]
Pada tanggal 25 Oktober 1951, pukul 00.35 hingga 03.00 dini hari, terjadi baku tembak antara TNI melawan gerombolan yang diyakini terafiliasi DI/TII. Sebelas orang menjadi korban, sedangkan 22 rumah di sekitar stasiun terbakar.[9]
Pada akhir Februari 2009, terjadi longsor di dekat Stasiun Cipeundeuy, yang mengakibatkan perjalanan kereta api dari Bandung ke arah timur harus dialihkan melalui Stasiun Cikampek dan Cirebon.[10][11]