Kabupaten Boven Digoel dari awal berdirinya hingga saat ini sudah pernah dipimpin oleh beberapa bupati. Saat ini Bupati Boven Digoel dijabat oleh Roni Omba yang mulai menjabat sejak 16 Oktober 2025, dan wakil bupati dijabat oleh Marlinus.
Berikut ini adalah Bupati Boven Digoel dari masa ke masa.
Dalam tumpuk pemerintahan, seorang kepala daerah yang mengajukan diri untuk cuti atau berhenti sementara dari jabatannya kepada pemerintah pusat, maka Menteri Dalam Negeri menyiapkan penggantinya yang merupakan birokrat di pemerintah daerah atau bahkan wakil bupati, termasuk ketika posisi bupati berada dalam masa transisi.
