Kabupaten Maluku Barat Daya dari awal berdirinya pada tahun 2008 hingga saat ini sudah pernah dipimpin oleh beberapa bupati. Saat ini Bupati Maluku Barat Daya dijabat oleh Benyamin Thomas Noach.
Dalam tumpuk pemerintahan, seorang kepala daerah yang mengajukan diri untuk cuti atau berhenti sementara dari jabatannya kepada pemerintah pusat, maka Menteri Dalam Negeri menyiapkan penggantinya yang merupakan birokrat di pemerintah daerah atau bahkan Wakil Bupati, termasuk ketika posisi bupati berada dalam masa transisi.
