Menjelang pengunduran diri Soeharto, Ia pernah membuat pernyataan kontroversial saat siaran langsung di dalam acara Liputan 6 SCTV yang dipandu oleh Ira Koesno karena mengatakan bahwa yang dibutuhkan saat itu adalah "cabut gigi" yang berarti pengunduran diri menteri-menteri Kabinet Pembangunan VII dan Soeharto sendiri.
Pada periode 1999–2001, ia menjabat Menteri Eksplorasi Kelautan pada Kabinet Persatuan Nasional dan terpilih dalam pemilu legislatif 2004 sebagai anggota DPD RI dari DKI Jakarta pada tahun 2004. Sebelum menjabat sebagai menteri eksplorasi kelautan atau menteri kelautan dan perikanan, Ia pernah diramal oleh Abdurrahman Wahid atau Gus Dur bahwa ketika Gus Dur terpilih sebagai presiden maka dirinya akan diangkat sebagai menteri. Setelah menjadi menteri, ia menjadi Anggota Dewan Kelautan Indonesia.[3]