GAM
Mualem menuturkan, saat lulus SMA, dirinya sempat mendaftar menjadi anggota Tentara Nasional Indonesia (TNI), tetapi gagal dan malah berangkat ke Malaysia untuk mendaftar menjadi pejuang GAM, kali ini lolos.[8]
Pada tahun 1986, Mualem termasuk dalam gelombang pertama anggota GAM yang diberangkatkan ke Libya untuk mengikuti pelatihan tempur bersama anggota GAM lainnya. Menurut Malik Mahmud, pada masa tersebut, Muzakir Manaf pernah memimpin sekitar 40 anggota GAM yang ditugaskan menjadi pengawal pemimpin Libya, Muammar Khadafi, selama kurang lebih satu bulan.[9][10]
Julukan “Mualem” sendiri berasal dari perannya sebagai pelatih bagi para anggota GAM yang mengikuti pelatihan di Libya setelah angkatannya. Dalam bahasa Arab, “mu‘allim” bermakna guru atau pelatih, dan julukan tersebut kemudian melekat serta dikenal luas di kalangan GAM maupun masyarakat Aceh.
Setelah tewasnya panglima GAM Abdullah Syafi'i pada tahun 2002 dalam pertempuran dengan tentara TNI, Muzakir Manaf menjadi panglima komando pusat GAM.[10][11]
Setelah perjanjian Helsinki, Mualem keluar dari persembunyian dan tampil di depan publik untuk pertama kalinya, dan mulai menjabat sebagai ketua Komite Peralihan Aceh.[12] Kemudian, ia menjadi salah satu pendiri Partai Gerakan Aceh Mandiri atau Partai GAM, yang kemudian berganti nama menjadi Partai Aceh saja setelah mendapat keluhan dari pemerintah pusat dan menjadi ketua pertamanya.[13]
Pemerintah provinsi
Dalam Pemilihan Gubernur Aceh 2012, Mualem mencalonkan diri sebagai calon wakil gubernur bersama Zaini Abdullah. Pasangan ini memenangkan pemilihan tersebut dan dilantik sebagai Wakil Gubernur pada tanggal 4 Juni 2012.[14] Mualem masih populer di kalangan mantan kombatan GAM bahkan setelah ia terpilih. Dalam konflik bersenjata yang dipimpin oleh Din Minimi, Din menolak untuk dibawa ke Jakarta atau Banda Aceh kecuali Mualem yang menjemputnya.[15]
Ia kembali mencalonkan diri pada Pemilihan umum Gubernur Aceh 2017 sebagai calon gubernur. Namun, ia kalah dari Irwandi Yusuf. Namun pada awalnya, tim kampanye Mualem juga mengklaim kemenangan dan menolak menerima hasilnya.[16][17]