Jabatan menteri dibentuk pada September 1945, dengan nama Menteri Negara Urusan Agama, pertama kali dijabat oleh Wahid Hasyim,[1] sedangkan kementeriannya dibentuk pada 3 Januari 1946.[2][3]
Sepanjang sejarah, 2 organisasi islam besar yang menjadi representatif yakni Nahdlatul Ulama dan Muhammadiyah. Organisasi islam lainnya yang menjadi representatif yakni Mathla'ul Anwar. Dari segi representatif organisasi Islam, Nahdlatul Ulama mempunyai perwakilan terbanyak yakni 16 menteri. Sedangkan dari perwakilan partai, Partai Majelis Syuro Muslimin Indonesia mempunyai perwakilan terbanyak, yakni sebanyak 11 menteri.
Terdapat 2 menteri agama dengan kabinet terbanyak, yakni Masjkur dan Saifuddin Zuhri. Mereka ditunjuk sebagai menteri di 6 kabinet yang berbeda. Munawir Sjadzali merupakan menteri agama dengan jabatan terlama, yakni 7003365100000000000♠9tahun, 363hari.
Semua menteri yang menjabat di pemerintahan pada periode Kabinet Pembangunan III sampai dengan Kabinet Pembangunan VII adalah Anggota Dewan Pembina Golkar, termasuk Panglima ABRI dan Pimpinan Lembaga Pemerintahan[25]
Keterangan
12K. Achmad Asj'ari tidak dapat pindah ke Jakarta dari tempat tinggalnya di Sumatra sehingga pada 9 Oktober 1947 dia digantikan oleh Anwaruddin
12Menteri Agama Muhammad Ilyas dari NU mengundurkan diri dari jabatannya pada 19 Januari 1956. Kemudian, jabatan Menteri Agama ad interim dirangkap oleh Mohammad Sardjan
↑Berdasarkan Keputusan Presiden Republik Indonesia Nomor 63 Tahun 1962 tertanggal 28 Februari 1962, K.H. Wahib Wahab diberhentikan dengan hormat dari jabatannya sebagai Menteri Agama dan berdasarkan Keputusan Presiden Republik Indonesia Nomor 64 Tahun 1962 tertanggal 28 Februari 1962, K.H. Sjaifuddin Zuchri diangkat sebagai Menteri Agama terhitung sejak 1 Maret 1962, dilantik pada 2 Maret
↑Suryadharma Ali mengundurkan diri karena kasus korupsi penyelenggaraan haji[16][17]
↑Menteri Koordinator Bidang Kesejahteraan Rakyat Agung Laksono bertindak sebagai Pelaksana Tugas Menteri Agama, menggantikan sementara Suryadharma Ali yang mengundurkan diri[18]
↑Halawa, Ohiao (1999). Profil 48 Ketua Umum Parpol RI[Profile of the 48 Chairpersons of the Political Parties in Indonesia]. Jakarta: NIAS and Kreasi Karya Wiguna. hlm.54. Kedua, selama menguasai pemerintahan, secara jelas telah menjadikan lembaga kekuasaan negara sebagai perangkat organisasi Golkar. Presiden adalah Ketua Dewan Pembina. Menteri, Panglima ABRI, dan pimpinan lembaga pemerintahan menjadi anggota Dewan Pembina.