Posisi ini dijabat pertama kali Manuel Kaisiepo pada 29 Agustus 2000, pada saat itu bernama Menteri Muda Urusan Percepatan Pembangunan Kawasan Timur Indonesia. Posisi menteri muda pada awalnya membantu Menteri Koordinator Bidang Politik, Sosial, dan Keamanan,[1] yang dijabat oleh Susilo Bambang Yudhoyono, yang kemudian dijabat oleh Agum Gumelar.
Pada Kabinet Gotong Royong, kantor menteri muda ini meningkat status menjadi menteri negara. Posisi ini kembali diadakan pada Oktober 2019 di Kabinet Indonesia Maju dengan nomenklatur berbeda yakni Wakil Menteri Desa, Pembangunan Daerah Tertinggal, dan Transmigrasi, dan dijabat oleh Budi Arie Setiadi.
Budi Arie Setiadi kemudian diangkat menjadi Menteri Komunikasi dan Informatika, posisinya digantikan oleh Paiman Raharjo, seorang rektor perguruan tinggi. Jabatan rektornya tidak ia tinggalkan ketika menjadi Paiman Raharjo.
Selanjutnya, nomenklatur transmigrasi berdiri sendiri, sehingga posisinya berubah menjadi Wakil Menteri Desa dan Pembangunan Daerah Tertinggal. Posisi wakil menteri ini saat ini dijabat Ahmad Riza Patria, kali pertama dari perwakilan partai.
Berikut daftar pejabat Wakil Menteri Desa dan Pembangunan Daerah Tertinggal.
.svg)
.jpg)
