Kabinet ini diumumkan pada 9 Agustus 2001. Berbeda jauh dengan presiden sebelumnya, selama kabinet ini bertugas, Presiden Megawati Soekarnoputri tidak pernah melakukan perombakan kabinet. Tetapi, hanya mengangkat beberapa menteri ad-interim karena beberapa menteri mengundurkan diri sehubungan dengan pencalonan mereka di Pilpres 2004.
Adapun Program Kerja Kabinet Gotong Royong adalah sebagai berikut:
Mempertahankan Persatuan dan Kesatuan bangsa dalam kerangka utuh Negara Kesatuan Republik Indonesia.
Meneruskan proses reformasi dan demokratisasi dalam seluruh aspek kehidupan nasional melalui kerangka, arah, dan agenda yang lebih jelas, dengan terus meningkatkan penghormatan terhadap Hak Asasi Manusia.
Normalisasi kehidupan ekonomi dan kemasyarakatan untuk memperkuat dasar bagi kehidupan perekonomian rakyat.
Melaksanakan penegakan hukum secara konsisten, mewujudkan rasa aman serta tenteram dalam kehidupan masyarakat, melakukan pemberantasan korupsi, kolusi, dan nepotisme (KKN).
Melaksanakan politik luar negeri yang bebas aktif, memulihkan martabat bangsa dan negara serta kepercayaan luar negeri, termasuk lembaga-lembaga pemberi pinjaman dan kalangan investor terhadap pemerintah.
Mempersiapkan penyelenggaraan Pemilihan Umum 2004 yang aman, tertib, rahasia, dan langsung.
11 Maret 2004: Susilo Bambang Yudhoyono mengundurkan diri karena mencalonkan diri sebagai calon presiden dalam pemilihan presiden 2004. Hari Sabarno mengambil alih Kementerian Koordinator Politik dan Keamanan merangkap jabatan sebagai Menteri Dalam Negeri.[10]
19–22 April 2004: Jusuf Kalla mengundurkan diri dari Kabinet pada 19 April 2004 karena mencalonkan diri sebagai calon wakil presiden dalam pemilihan presiden 2004. Malik Fadjar mengambil alih Kementerian Koordinator Kesejahteraan Rakyat merangkap jabatan sebagai Menteri Pendidikan pada 22 April 2004.[11][12]
24 Mei 2004: Agum Gumelar mengundurkan diri dari Kabinet karena mencalonkan diri sebagai calon wakil presiden dalam pemilihan presiden 2004. Soenarno mengambil alih Kementerian Perhubungan merangkap jabatan sebagai Menteri Negara Permukiman dan Prasarana Wilayah.
29 September: Hatta Rajasa mengundurkan diri dari kabinet, karena ia terpilih sebagai anggota Dewan Perwakilan Rakyat periode 2004–2009.[13]