Posisi ini dibuat pada pemerintahan presiden ke-4 Abdurrahman Wahid dengan nama Menteri Muda Urusan Percepatan Pembangunan Kawasan Timur Indonesia tahun 2000. Posisi menteri ini tidak berdiri sendiri, melainkan membantu menteri di bidang lain, yakni Menteri Koordinator Bidang Politik, Sosial, dan Keamanan.[2]
Kantor Menteri Muda Urusan Percepatan Pembangunan Kawasan Timur Indonesia kemudian meningkat status menjadi Kantor Menteri Negara Percepatan Pembangunan Kawasan Timur Indonesia di pemerintahan presiden ke-5 Megawati Soekarnoputri pada tahun 2001.
Kemudian di kabinet Kabinet Indonesia Maju, posisi ini diadakan kembali dengan nomenklatur Wakil Menteri Desa, Pembangunan Daerah Tertinggal, dan Transmigrasi.[3] Saat perombakan Kabinet pada 17 Juli 2023, Budi Arie diangkat menjadi Menteri Komunikasi dan Informatika.[4] Kemudian posisi Budi Arie digantikan oleh Paiman Raharjo yang menjabat sejak 7 Juli 2023 hingga 20 Oktober 2024.[5]
Sejak tanggal Agustus 2000 hingga saat ini, terdapat empat orang yang telah menjabat sebagai Wakil Menteri Desa dan Pembangunan Daerah Tertinggal Indonesia. Petahana jabatan tersebut adalah Ahmad Riza Patria.
Gaji dan Tunjangan
Gaji Wakil Menteri diatur dalam Peraturan Menteri Keuangan Nomor 176/PMK.02/2015 tentang Hak Keuangan dan Fasilitas Lainnya bagi Wakil Menteri. Menurut Pasal 2 ayat (1) huruf a Peraturan Menteri Keuangan Nomor 176/PMK.02/2015, tunjangan jabatan bagi wakil menteri adalah 85 persen dari tunjangan Menteri. Sehingga tunjangan dari wakil menteri sebesar Rp11.566.800 per bulan.[8]
Merujuk Pasal 3 PMK, wakil menteri akan menerima fasilitas dari negara berupa kendaraan dinas, rumah jabatan, dan jaminan kesehatan seperti menteri negara. Jika kementerian yang bersangkutan belum mampu menyediakan rumah bagi wakil menteri, maka dapat diberikan kompensasi berupa tunjangan perumahan sebesar Rp 35.000.000 per bulan.[9]