Menteri Desa dan Pembangunan Daerah Tertinggal dibentuk dalam Kabinet Persatuan Nasional dengan nama Menteri Muda Urusan Percepatan Pembangunan Kawasan Timur Indonesia dan dijabat oleh Manuel Kaisiepo.[2] Dalam Kabinet Gotong Royong, Menteri Muda Urusan Percepatan Pembangunan Kawasan Timur Indonesia berganti nama menjadi Menteri Negara Percepatan Pembangunan Kawasan Timur Indonesia. Posisi tersebut masih dijabat oleh Manuel Kaisiepo hingga berakhirnya masa pemerintahan Megawati Soekarnoputri.[3]
Dalam Kabinet Indonesia Bersatu, Menteri Negara Percepatan Pembangunan Kawasan Timur Indonesia berganti nama menjadi Menteri Negara Pembangunan Daerah Tertinggal.[4] Pada 19 Oktober 2011, jabatan Menteri Negara dihapuskan sehingga Menteri Negara Pembangunan Daerah Tertinggal berubah menjadi Menteri Pembangunan Daerah Tertinggal.[5] Pada pemerintahan Joko Widodo, jabatan ini memiliki nama baru yakni Menteri Desa, Pembangunan Daerah Tertinggal, dan Transmigrasi dengan mengambil alih tugas transmigrasi dari Menteri Tenaga Kerja dan Transmigrasi yang kini Menteri Ketenagakerjaan.[6]
Gaji Menteri diatur dalam Peraturan Pemerintah (PP) Nomor 60 Tahun 2000 tentang Perubahan atas PP Nomor 50 Tahun 1980 tentang Hak Keuangan/Administratif Menteri Negara dan Bekas Menteri Negara serta Janda/Dudanya. Berdasarkan Pasal 2 PP Nomor 60 Tahun 2000, gaji pokok menteri adalah Rp5.040.000 per bulan.[9]