Indonesia mengakui kemerdekaan Kirgizstan pada tanggal 28 Desember 1991 bersama dengan pengakuan kepada sepuluh negara bekas Uni Soviet lainnya. Hubungan diplomatik dengan Kirgizstan kemudian mulai dibuka pada tanggal 5 April 1993.[2]
Pada 5 April 2023, Indonesia dan Kirgizstan memperingati 30 tahun hubungan diplomatik. Dalam kesempatan tersebut, presiden dari kedua negara, Joko Widodo dan Sadyr Japarov, menegaskan kehendak untuk meningkatkan hubungan diplomatik, baik dalam forum bilateral maupun multilateral.[3]
