Sebelum pemisahan Sudan Selatan dari Sudan pada tahun 2011, Aljazair dan Sudan Selatan tidak memiliki hubungan resmi dan Aljazair memiliki ikatan dengan Sudan. Namun, mengingat dukungan Sudan untuk kaum Islamis di Aljazair di tengah-tengah Perang Saudara Aljazair pada tahun 1990-an, Aljazair tidak memercayai Sudan dan karena itu secara diam-diam mendukung penentuan nasib sendiri Sudan Selatan dan Darfur dari Sudan sebagai tanggapan atas dukungan Omar al-Bashir untuk Kelompok Islam Bersenjata Aljazair. Hal ini memengaruhi gerakan kemerdekaan Sudan Selatan, terutama para pemimpin Tentara Pembebasan Rakyat Sudan seperti John Garang, untuk melanjutkan perjuangan melawan Pemerintah Sudan yang sangat didominasi oleh orang Arab, yang dicapai pada tahun 2005.
Setelah kemerdekaan Sudan Selatan pada tahun 2011, Aljazair segera mengakui kemerdekaan Sudan Selatan dari Sudan. Baru-baru ini Aljazair menunjukkan keprihatinan yang mendalam terhadap krisis Sudan Selatan dan mendesak mediasi antara kedua negara sebagai bagian dari rencana perdamaian Uni Afrika.[1][2] Aljazair juga mendukung misi penjaga perdamaian dari Jepang ke Sudan Selatan.[3]
