Sebelum kemerdekaan Sudan Selatan, Eritrea memberikan dukungan kepada kelompok pemberontak Sudan Selatan di berbagai titik selama Perang Saudara Sudan Kedua.[1] Paul Makuei, yang kemudian menjadi duta besar Sudan Selatan untuk Eritrea pasca kemerdekaan, menyatakan pada tahun 2015 bahwa:[3]
"Eritrea merupakan negara yang sangat penting bagi kami sebagai warga Sudan Selatan dan sebagai pemerintah, mengingat dukungan yang kami peroleh dari pemerintah dan rakyat Eritrea selama perjuangan."
Setelah Sudan Selatan merdeka dari Sudan pada 9 Juli 2011, Eritrea secara resmi mengakui negara tersebut pada 11 Juli 2011.[4] Pada tahun 2012, pejabat Sudan Selatan mengumumkan bahwa negara tersebut akan mencoba menengahi sengketa perbatasan antara Eritrea dan Etiopia. Deng Alor Kuol, menteri luar negeri Sudan Selatan, mengatakan kepada Reuters bahwa Sudan Selatan memiliki "hubungan dekat dengan kedua negara".[5]
Isaias Afwerki, Presiden Eritrea, menekankan dukungan Eritrea terhadap Sudan Selatan pada tahun 2018, dengan menyatakan:[6]
“Masyarakat Eritrea akan selalu berdiri di pihak dan bersolidaritas dengan masyarakat Sudan Selatan hingga dan setelah tercapainya misi pembebasan."
Peran dalam Perang Saudara Sudan Selatan
Pada tahun 2014, aktivis hak asasi manusia Amerika John Prendergast menuduh Eritrea mendukung pemberontak yang dipimpin oleh Riek Machar dan David Yau Yau dalam Perang Saudara Sudan Selatan, yang melawan pemerintah Juba. Pemerintah Eritrea membantah klaim ini, seperti yang dilakukan oleh perwakilan delegasi pemberontak. Seorang perwakilan pemerintah Eritrea menyebut klaim tersebut sebagai "kebohongan yang tidak masuk akal", dan menyatakan bahwa Eritrea juga telah dituduh secara keliru mendukung Sudan dalam Krisis Heglig 2012.[7]
Presiden Eritrea Afwerki dan Perdana Menteri Etiopia Abiy Ahmed melakukan perjalanan ke Sudan Selatan pada tahun 2019 untuk membantu Sudan Selatan dalam mengamankan kesepakatan damai dalam perang saudara.[2] Pada tahun 2022, Eritrea dan Sudan diminta untuk membantu memediasi proses perdamaian Sudan Selatan dengan berbicara kepada kelompok pemberontak yang bertahan.[8]