Film Dokumenter Terbaik Festival Film Indonesia Penghargaan untuk Film Dokumenter Terbaik mulai diberikan pada Festival Film Indonesia 2006 .
Pada tahun 2013, kategori tersebut dipecah menjadi dua kategori untuk Film Dokumenter Panjang Terbaik dan Film Dokumenter Pendek Terbaik , tetapi kembali disatukan pada tahun 2014.
Film Dokumenter Terbaik
Tahun
Film
Nomine
2006 (ke-26) [ 1] Gerimis Kenangan dari Sahabat Terlupakan Indonesia Council for Cultural Relation
2007 (ke-27) Sang Buddha Bersemayam di Borobudur Marselli Sumarno
Cita-citaku: Aku Ingin Jadi Tentara Gatut Mukti dan Delviyandi
Bisnis Narkoba di Penjara Darussalam
Di Atas Rel Mati Nur Fitriah dan Weldy Handoko
Gemala Meragi Nusantara Dharma Maulana
2008 (ke-28) The Conductors Andibachtiar Yusuf
Catatan Terakhir dari Nusakambangan Moriza Prananda dan Nurshinta Ruswandani
Ritus Swara Djaduk Hari Suryanto
Tarianku Negeriku "Rasinah Sang Maestro" Yudha Pratama
Ubud, Antara Tradisi dan Pariwisata Harmens Tahir
2009 (ke-29) [ 2] Ayam Mati di Lumbung Padi Button Ijo Pictures
Heaven for Insanity Ecco Film
Rahayu Supanggah Hari Suryanto-Pasca Sarjana ISI Surakarta
Kesaksian dari Tanah Minang Metro TV
The Jak Bogalakon Pictures
Tahun
Film
Nomine
2010 (Ke-30) Hari-Hari Terakhir Bung Karno Avisarti Film
Beasiswa Ala Bajo Metro TV
Cahaya Air Batang Uru Rumah Ide
Radio Rimba Raya Kancamara
Serupa Tapi Tak Sama Rumah Ide
2011 (Ke-31) Donor ASI Ani Ema Susanti
Cerita dari Tapal Batas Wisnu Adi
Metamorfoblus Dosy Omar
Lampion-Lampion Dwitra J. Ariana
Penjara dan Nirwana Daniel Rudi Haryanto
2012 (Ke-32) Di Batas Kekuasaan Nur Vitrianapiz
A Short Story of Raden Saleh Syarif Bustaman Subiyanto
Bandung Lintas Masa Kompas TV
Eksotika Megalitik TVRI
Waerebo Kompas TV
2013 (Ke-33) —
2014 (Ke-34) Dolanan Kehidupan Afina Fahtu M. dan Yopa Arfi
Masked Monkey (The Evolution of Darwin Theory) Ismail Fahmi Lubish
Ngulon Tony Trimarsanto
Quran Sang Paus Ari Aristo
Penderes dan Pengidep Achmad Ulfi
Film Dokumenter Panjang Terbaik
Tahun
Film
Nomine
2020 (Ke-40) You and I Fanny Chotimah
Between the Devil and the Deep Blue Sea D.S. Nugraheni
2021 (Ke-41) Invisible Hopes Lamtiar Simongkir
Bara (The Flame) Arfan Sabran dan Gita Fara
Catharina Leimena: Show Must Go On Patar Simatupang
Kemarin Upie Guava dan Dendi Reynaldo
Parherek (Penjaga Monyet) Onny Kresnawan dan Ria Novida Telaumbanua
2022 (Ke-42) Ininnawa: An Island Calling Arfan Sabran
Atas Nama Daun Mahatma Putra
Mencari Ibu Dwiki Marta Muharram dan Ayomi Amindoni
Roda-Roda Nada Yuda Kurniawan
Segudang Wajah Para Penantang Masa Depan I Gede Mika dan Yuki Aditia
2023 (Ke-43) Eksil Lola Amaria
Herstory: An Untold History Rudi Soedjarwo
Mayday! May Day! Mayday! Yonri Revolt
One Big Sumba Family Tonny Trimarsanto
2024 (Ke-44) Under the Moonlight (Nur) Tonny Trimarsanto
Ibnu Nurwanto - Sang Kayu Eriliando Erick
Koesroyo: The Last Man Standing Linda Ochi
Terpejam untuk Melihat Mahatma Putra
The Journey: Angklung Goes to Europe Maulana M. Syuhada
2025 (Ke-45) Tambang Emas Ra Ritek Alvina N. A.
Goodbye Tarling, Forgive Me Darling Ismail Fahmi Lubis
Jagad'e Raminten: Kabaret Kehidupan (Raminten Universe: Life Is a Cabaret) Nia Dinata
Kidung Tani Yoga Bagus Satatagama
Swaradwipa: Di Antara Bunyi dan Sunyi di Jagat Sumba Titi Radjo Padmaja
Film Dokumenter Pendek Terbaik
Catatan
1 2 Kedua kategori film dokumenter disatukan pada 2014.
