Ekosistem
Taman Nasional ini memiliki beberapa tipe ekosistem, yaitu hutan tropika dataran rendah, hutan tanah kering (hutan kerangas), hutan rawa air tawar, hutan rawa gambut, hutan bakau atau mangrove, hutan pantai, dan hutan sekunder.
Vegetasi dan flora
Tutupan vegetasi utama di daerah utara kawasan adalah hutan kerangas yang dihuni flora tumbuhan pemakan serangga seperti kantong semar (Nepenthes sp). Hutan rawa gambut sejati ditemukan di bagian tengah kawasan dan di tepi beberapa sungai, dan terdapat tumbuhan yang memiliki akar lutut, dan akar udara. Di sepanjang tepi semua sungai di kawasan ini terdapat hutan rawa air tawar (aluvial) sejati, memiliki jenis tumbuhan yang kompleks dan jenis tumbuhan merambat berkayu yang besar dan kecil, epifit dan paku-pakuan menjalar dalam jumlah besar.
Di daerah utara menuju selatan kawasan terdapat padang dengan jenis tumbuhan belukar yang luas, hasil dari kerusakan hutan kerangas akibat penebangan dan pembakaran. Umumnya terdapat dalam kantung-kantung di sepanjang Sungai Sekonyer dan anak-anak sungainya. Tumbuhan di daerah hulu sungai utama terdiri atas rawa rumput yang didominasi oleh Pandanus sp. dan bentangan makrofita (bakung) yang mengapung seperti Crinum sp. Di daerah pantai terdapat tutupan hutan bakau (mangrove) dan lebih jauh ke daratan yaitu di kawasan payau pada muara-muara sepanjang sungai utama, terdapat tumbuhan asli nipah (Nypa fruticans) yang tumbuh meluas ke pedalaman sejauh sungai, dan menandai kadar intrusi air payau ke darat. Untuk daerah pesisir pada pantai-pantai berpasir banyak ditumbuhi tumbuhan genus Casuarina, Pandanus, Podocarpus, Scaevola, dan Barringtonia.
Jenis-jenis tumbuhan lain yang dapat ditemui di TNTP adalah keruing (Dipterocarpus sp), meranti (Shorea sp.), ramin (Gonystylus bancanus), jelutung (Dyera costulata), gaharu (Aquillaria), kayu lanan, ulin (Eusideroxylon zwageri), sengkuang (Dracontomelon sp.), Alstonia, Baeckia, Calophyllum, Campnosperma, Castanopsis, Dacrydium, Dactylocladus, Diospyros, Durio, Ganua, Hopea, Jackia, Licuala, Lithocarpus, Melaleuca, Mesua, Palaquium, Rhizophora, Schima, Sonneratia, Tetramerista, dan Vatica.