Proses pengadilan bagi pihak terlibat
Pada 20 Desember 2005, Pollycarpus Budihari Priyanto dijatuhi hukuman 14 tahun penjara atas pembunuhan terhadap Munir. Hakim menyatakan bahwa Pollycarpus, seorang pilot Garuda yang sedang cuti, menaruh arsenik dalam makanan Munir karena ingin membungkam pengkritik pemerintah tersebut. Hakim Cicut Sutiarso menyatakan bahwa sebelum pembunuhan, Pollycarpus menerima beberapa panggilan telepon dari sebuah nomor yang terdaftar atas nama seorang agen intelijen senior, tetapi hal ini tidak dijelaskan lebih lanjut. Selain itu, Presiden SBY juga membentuk tim investigasi independen,[14] tetapi hasil penyelidikan tim tersebut tidak pernah dipublikasikan.
Pada 19 Juni 2008, Mayjen (Purn.) Muchdi Purwoprandjono ditangkap dengan dugaan kuat bahwa dia adalah otak pembunuhan Munir.[15] Beragam bukti kuat dan kesaksian mengarah kepadanya.[16] Namun, pada 31 Desember 2008, Muchdi divonis bebas. Putusan ini sangat kontroversial, dan kasus ini ditinjau ulang, serta tiga hakim yang memvonisnya bebas kini tengah diperiksa.[12][17]
Pembocoran data kematian oleh peretas 2022
Pada September 2022, kasus pembunuhan berencana yang dilakukan terhadap Munir kembali ramai diperbincangkan di media sosial pasca munculnya sosok anonim yang bekerja sebagai peretas (hacker) bernama Bjorka[18] yang membongkar sejumlah data negara, termasuk di dalamnya data pribadi para pejabat negara mulai dari Menteri BUMN Erick Thohir hingga Menteri Komunikasi dan Informatika Johnny G. Plate,[19] melalui akun Telegram.[20] Tepat sebelum akun Twitter dan Telegramnya ditutup oleh pihak platform, Bjorka menyampaikan kronologi atas dalang di balik pembunuhan Munir.
Bjorka menjelaskan bahwa dalang dari pembunuhan Munir adalah Muchdi Purwoprandjono.[21] Muchdi memang sempat ditetapkan sebagai tersangka oleh pihak kepolisian pada 19 Juni 2008.[22] Pada saat dirinya ditetapkan sebagai tersangka, ia juga dicurigai memiliki motif sakit hati terhadap Munir. Keberanian Munir untuk menyuarakan permasalahan keterlibatan Tim Mawar dalam penculikan sejumlah aktivis berdampak pada karier Muchdi yang kala itu menjabat sebagai Kopassus Tim Mawar. Akhirnya, karier Muchdi pun sempat diberhentikan karena masalah tersebut.[23] Alasan tersebut pun disampaikan dan ditegaskan kembali oleh Bjorka.
Muchdi pertama kali diperiksa pada 16 Mei 2005. Hasil serangkaian pemeriksaan menunjukkan Pollycarpus Budihari Priyanto dan Muchdi aktif melakukan komunikasi pada periode September hingga Oktober 2004. Namun, dalam kesaksiannya di pengadilan pada 17 November 2005, ia menyangkal punya hubungan khusus dengan Pollycarpus.[22]
Bjorka menjelaskan bahwa Muchdi menggunakan Pollycarpus, yang saat itu juga merupakan jaringan non-organik BIN, untuk membunuh Munir. Saat itu, Pollycarpus bekerja sebagai pilot di Garuda Indonesia. Pasalnya, saat itu, mereka mengetahui bahwa Munir akan terbang ke Belanda menggunakan Garuda Indonesia.
Selepas itu, Pollycarpus mulai bergerak untuk ditetapkan sebagai keamanan penerbangan agar dirinya bisa masuk ke pesawat mana pun, termasuk pesawat yang nantinya akan digunakan oleh Munir. Pollycarpus pun membuat surat rekomendasi kepada PT Garuda Indonesia untuk menetapannya sebagai pihak keamanan menggunakan komputer yang terletak di ruang staf di Deputi V BIN. Dalam proses pembuatan surat tersebut, Budi Santoso dari BIN pun mengetahuinya.
Budi Santoso sendiri memang sempat hadir sebagai saksi dalam proses persidangan tersebut.[24] Budi Santoso menjadi salah satu pihak yang akhirnya turut membongkar bahwa Pollycarpus dan Muchdi saling mengenal—pasca sebelumnya keduanya menyangkal bahwa mereka saling mengenal.[25]
Selepas itu, jelas Bjorka, Pollycarpus pun menyerahkan surat dari BIN yang telah ditandatangani—berisikan informasi bahwa dirinya ditugaskan untuk membunuh Munir—kepada Direktur Presiden PT Garuda Indonesia Indra Setiawan. Surat tersebut bernomorkan R-451/VII/2004. Pasca itu, Pollycarpus pun ditempatkan di bagian keamanan.
Kemudian Pollycarpus menelepon ke nomor Munir—yang saat itu diangkat oleh Suciwati—terkait dengan jadwal keberangkatan Munir. Pollycarpus pun mendapatkan informasi bahwa Munir akan terbang pada 6 September 2004 menggunakan Garuda Boeing 747-400 dengan nomor penerbangan GA-974.[24] Pollycarpus yang seharusnya menjadi pilot utama untuk penerbangan ke Peking, Cina, pada 5-9 September tersebut pun akhirnya bergabung dengan penerbangan Munir.