Cekakak Madagaskar secara resmi dideskripsikan oleh naturalis Prancis Joseph Eydoux dan Paul Gervais pada 1836 dan beri nama binomialAlcedo vintsioides.[2][3] Spesies tersebut berkerabat dengan cekakak malasit (Corythornis cristatus) yang banyak tersebar di dataran utama Afrika. Spesies tersebut adalah salah satu dari dua cekakak yang ada di Madagaskar. Yang lainnya adalah cekakak pigmi Madagaskar (Corythornis madagascariensis).[4]