Universitas HKBP Nommensen terdiri dari 11 Fakultas dan 33 program studi untuk tingkat Sarjana dan Pasca Sarjana [3] dan memiliki dua lokasi kampus, Medan dan Pematang Siantar:
Kampus di Medan
Fakultas Ekonomi
Fakultas Ekonomi memiliki 4 (empat) Program Studi yaitu:
- Akuntansi,
- Manajemen, dan
- Ekonomi Pembangunan.
- Administrasi Perpajakan (D3).
Ketiga jurusan tersebut telah berstatus terakreditasi dengan nilai akreditasi B.
Fakultas ini memiliki Laboratorium Auditing, Komputer, Teknologi Informasi Akuntansi (Komputer Akuntansi), Laboratorium Manajemen Bisnis, Bahasa Inggris dan Fakultas Ekonomi termasuk salah satu fakultas tertua di Indonesia setelah Universitas Indonesia (UI) dan Universitas Gajah Mada (UGM). Ketiga Universitas ini pernah secara bersama-sama menggunakan bantuan Ford Foundation (1957-1970).
Fakultas ini diasuh oleh dosen-dosen berkualitas lulusan universitas ternama dalam dan luar negeri. Salah satu pentolannya yang sudah tidak diragukan kualitasnya sebagai pakar ekonomi handal negeri ini adalah Prof. Dr. Amudi Pasaribu, Ph.D., dan masih banyak lagi alumni-alumni Fakultas ini yang memiliki peranan penting di sektor swasta dan pemerintahan.
Fakultas Kedokteran
Fakultas Kedokteran adalah fakultas termuda di Universitas HKBP Nommensen. Fakultas ini didirikan pada tahun 2008 dan mulai menerima mahasiswa pada tahun ajaran 2009/2010 dengan mahasiswa pertama berjumlah 50 orang. Program Pendidikan Kedokteran Universitas HKBP Nommensen bertujuan menghasilkan lulusan dokter-dokter yang kompeten dalam hal pengetahuan (Knowledge), keterampilan (Skills), dan perilaku (Attitudes).
Fakultas Kedokteran UHN menjalin kerja sama dengan Yayasan DEL, Rumah Sakit Gleni Medan dan Rumah Sakit Gleneagles Singapura, Fakultas Kedokteran Universitas Sumatera Utara, dan Rumah Sakit Adam Malik sebagai Teaching Hospital dan RWTH University of Aachen Medical Faculty. Fakultas Kedokteran HKBP Nommensen mengembangkan kerjasama dengan fakultas-fakultas kedokteran di Jerman yang berdasarkan hubungan antara HKBP dengan gereja-gereja Lutheran di Jerman.
Fakultas Teknik
Berdiri tahun 1975 dengan membuka satu jurusan yaitu Teknik Sipil, kemudian pada tahun 1976 dibuka Jurusan Teknik Mesin, dan Teknik Elektro pada tahun 1978. Teknik Sipil memiliki konsentrasi Struktur, Geotrans dan Teknik Sumber Air. Teknik Mesin dengan konsentrasi Konversi Energi dan Teknik Produksi Pembentukan dan Material serta Teknik Elektro dengan Konsentrasi Teknik Tenaga Listrik, Teknik Telekomunikasi dan Teknik Kendali.
Sampai saat ini Fakultas Teknik telah meluluskan lebih dari 2000 alumni dan tersebar di seluruh tanah air dengan berbagai profesi.
Memiliki fasilitas yang lebih lengkap baik laboratorium yang dikelola masing-masing jurusan maupun fakultas. Ketiga jurusan telah Terakreditasi oleh BAN-DIRJEN DIKTI, dengan Akreditasi "B" untuk Teknik Mesin dan Akreditasi "C" untuk Teknik Sipil dan Elektro.
Fakultas Hukum
Fakultas Hukum didirikan tahun 1954 kemudian dinonaktifkan karena keterbatasan tenaga kerja pada saat itu, dan pada tahun 1980 diaktifkan kembali berdasarkan Surat Keputusan Kopertis Wilayah I No. 019/PD/KOP.1/1980 tanggal 10 Juli 1980 serta menerima mahasiswa dimulai pada tanggal 22 Juli 1980, dengan SK BAN No. 007/BAN-PT/Ak-IX/S-1/VIII/2005 ditetapkan menjadi Akreditasi "C". Sekarang ini Hukum memiliki Akreditasi "B".
Pertama kali dibuka, Fakultas Hukum terdiri dari 3 Jurusan yang kemudian pada tahun 1995 hanya memiliki 1 program studi yaitu Ilmu Hukum dengan 4 bagian, terdiri dari:
- Bagian Hukum Tatanegara,
- Bagian Hukum Pidana,
- Bagian Hukum Perdata,
- Bagian Hukum Bisnis.
Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Politik
Fakultas FISIPOL terdiri dari tiga (tiga) Program Studi:
- Administrasi Bisnis (S-1),
- 2. Administrasi Negara (S-1)
- 3. Sekretaris (D-3)
Tiga dari program studi itu memiliki akreditasi B.
Administrasi Bisnis
Program Studi Administrasi Bisnis pada awalnya merupakan suatu fakultas yang disebut dengan Fakultas Ilmu Administrasi Niaga (FAN) tahun 1977 s/d 1979, kemudian tahun 1979 s/d 1980 Fakultas Administrasi Niaga berubah menjadi Fakultas Ilmu Administrasi Negara dan Niaga (FANN). Kemudian dari FANN berubah namanya menjadi Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Politik. Mulai berdirinya hingga tahun 1992 jumlah mahasiswa selalu meningkat, hal ini tidak terlepas dari kebijakan program studi untuk tetap memperhatikan mutu pendidikan. Namun, ketika gaung globalisasi menggema maka istilah administrasi niaga tenggelam, tetapi istilah yang diterjemahkan dalam bahasa inggrisnya business lebih kuat gaungnya. Pada tahun 2007 Program Studi Administrasi Niaga berubah nama menjadi Administrasi Bisnis. Perubahan nama ini diikuti dengan perubahan lainnya seperti kurikulum, tenaga pendidikan, laboratorium dan sistem administrasi. Berdasarkan SK Dirjen Dikti tanggal 13 April 2012 Jurusan Administrasi Bisnis FISIP-UHN kembali mendapat Peringkat Akreditasi "B".
Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan
Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan (FKIP) adalah salah satu dari Fakultas yang ada di lingkungan Universitas HKBP Nommensen yang berkedudukan di Pematangsiantar dan yang merupakan unsur pelaksana sebagian tugas pokok dan fungsi dari Universitas. Dalam hal ini yang khusus bertugas menghasilkan tenaga pengajar yang terampil dan bertanggung jawab dalam tugasnya sebagai guru, pendidik di sekolah lanjutan dalam berbagai bidang studi. Untuk tugas dan fungsi ini, FKIP harus melaksanakan, mengembangkan dan membina program pendidikan, penelitian dan pengabdian kepada masyarakat menurut bidang ilmu pendidikan.
FKIP UHN didirikan pada tanggal 1 September 1962 dengan dua (2) jurusan, yaitu:
- Pendidikan Umum
- Sastra dan Bahasa Inggris
Pada tahun 1964 dibuka jurusan yang baru, yaitu Jurusan Civil/Hukum.
Pada tahun 1965 dibuka dua (2) jurusan lagi yaitu Jurusan Pendidikan Agama Kristen (PAK) dan Jurusan Sastra dan Bahasa Jerman.
Pada tahun 1973 dbiuka Jurusan Sastra dan Bahasa Indonesia, dan pada tahun 1976 dibuka Jurusan Ekonomi.
Pada tahun 2007 pemerintah melalui Menteri Pendidikan Nasional Republik Indonesia menetapkan FKIP UHN sebagai salah satu Perguruan Tinggi Penyelenggara Sertifikasi Guru Dalam Jabatan sesuai SK Nomor 057/O/2007 tanggal 13 Juli 2007.
Kemudian pada bulan September 2007, Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi menetapkan FKIP Universitas HKBP Nommensen sebagai salah satu pemenang Hibah Sistem PPL dan Lab Microteaching melalui surat No. 2195/D/T/2007. Penandatanganan kontrak pengadaan peralatan Lab Microteaching telah dilaksanakan oleh pimpinan universitas dengan pihak Dirjen Dikti pada tanggal 19 September 2007 di Jakarta.
FKIP UHN Pematang Siantar berdiri sejak tahun 1962, memiliki 8 (delapan) Program Studi berstatus Terakreditasi.
Kedelapan Program Studi tersebut adalah:
- Pendidikan Bahasa Inggris
- Pendidikan Bahasa Indonesia
- Pendidikan Bahasa Jerman
- Pendidikan Ekonomi Akuntansi
- Pendidikan Pancasila dan Kewarganegaraan (PPKN)
- Pendidikan Agama Kristen (PAK)
- Pendidikan Matematika
- Pendidikan Fisika
FKIP pada tahun 2007 juga membuka kelas di Kampus UHN Medan untuk Program Studi Pendidikan:
- Bahasa Inggris
- Matematika
- Fisika
- Bahasa Indonesia
Fakultas Peternakan
Fakultas Peternakan Universitas HKBP Nommensen berdiri tahun 1976 di Pematangsiantar dengan tingkat sarjana muda. Pada tahun 1980 fakultas ini dipindahkan ke Medan dengan Jurusan/Program Studi, yaitu Produksi Ternak (Terakreditasi), Nutrisi dan Makanan Ternak dan Perikanan & Kelautan (Proses Akreditasi).
Saat ini Fakultas Peternakan memiliki satu Program Studi (S1) yaitu: Produksi Ternak dengan status terakreditasi.<>Fakultas Peternakan UHN telah menjalin kerjasama dengan berbagai instansi pemerintah dan swasta baik yang ada di dalam dan luar negeri. Instansi dimaksud antara lain: Dinas Peternakan Provinsi Sumut dan Kabupaten/Kota, Perusahaan Peternakan Pembibitan dan Penggemukan (PT. Charoend Pokhpand, PT. Berlian Unggas Jaya, PT. Mabar dll), Loka Penelitian (Lolit) Ternak Kambing Sungai Putih, BPTU-Sinur Siborong-borong, Institut Pertanian Bogor, Universitas Gajah Mada, Universitas Diponegoro, JICA-Jepang dan VEM Jerman
Fakultas Psikologi
Fakultas Psikologi UHN berdiri pada tanggal 23 September 2001 dengan surat izin penyelenggaraan Program Studi Ilmu Psikologi jenjang Program Sarjana (S1) terakreditasi dengan No.: 013/BAN-PT/Ak-X/S1/IX/2006. Kurikulum Fakultas Psikologi adalah Kurikulum Berbasis Kompetensi (KBK) dengan mata kuliah magang dan praktikum penggunaan alat-alat tes psikologi. Diasuh oleh dosen-dosen yang berkompeten, lulusan universitas favorit dari dalam dan luar negeri, serta telah berpengalaman di bidangnya selama sekian tahun.
Fakultas Pascasarjana
Fakultas Pasca Sarjana didirikan pada tahun 2009 dengan program studi pertamanya adalah Magister Manajemen (MM). Pada tahun 2008 fakultas ini menambah satu lagi program studi yaitu Magister Pendidikan Bahasa Inggris. Fakultas Pasca Sarjana diasuh oleh dosen-dosen berkualifikasi terbaik di bidangnya dan merupakan lulusan universitas ternama dalam dan luar negeri.