Pelayanan sebagai pendeta HKBP
Setelah menyelesaikan pendidikannya pada tahun 1987, ia memulai pelayanan di HKBP sebagai calon pendeta di HKBP Lumban Baringin di Sipoholon. Pada 9 Mei 1993, ia ditahbiskan sebagai pendeta.
Pengalaman pelayanannya di HKBP Lumban Baringin selama kurang lebih satu tahun merupakan satu-satunya keterlibatan langsungnya dalam pelayanan jemaat. Selanjutnya, ia lebih banyak berkarya dalam bidang birokrasi dan pendidikan gerejawi. Ia pernah menjabat sebagai dosen di berbagai sekolah tinggi teologi, baik di lingkungan HKBP maupun di luar negeri, termasuk di Silliman University Divinity School di Filipina.
Selain itu, ia juga pernah menjabat sebagai kepala biro di HKBP serta sebagai Executive Secretary di United Evangelical Mission di Jerman. Sebelum terpilih sebagai Ephorus, ia menjabat sebagai Ketua Rapat Pendeta HKBP.[2]
Keterlibatan pada Krisis HKBP 1992–1998
Pada pertengahan Januari 1993, dalam masa krisis di HKBP, Robinson Butarbutar yang berada di pihak Pdt. S.A.E. Nababan menghadapi penyergapan di rumah mertua Nababan di Jalan Hang Kesturi, Medan, yang dilakukan oleh aparat militer. Dalam peristiwa tersebut, aparat melakukan tindakan kekerasan terhadap Robinson Butarbutar dan sejumlah jemaat, termasuk pemukulan dan penyeretan, sebelum mereka diangkut secara paksa ke kendaraan militer dan dibawa ke markas Komando Distrik Militer.[6]
Di Kodim, bersama sekitar lima puluh orang lainnya, mereka menjalani pemeriksaan yang disertai kekerasan. Menurut kesaksian seorang anggota intelijen di Medan, Robinson Butarbutar diseret hingga kacamatanya terjatuh dan hancur. Ia bersama para tahanan lain kemudian dipaksa berbaring berjajar di halaman kantor Kodim, sementara aparat militer menginjak-injak tubuh mereka. Tindakan kekerasan tersebut dilaporkan berlangsung selama beberapa jam.[6]
Selanjutnya, melalui seleksi aparat Kodim, sebanyak 17 orang—termasuk Robinson Butarbutar—dipindahkan ke markas Detasemen Intelijen Militer di Jalan Gaperta, Medan. Selama enam hari penahanan di lokasi tersebut, mereka kembali mengalami tindakan kekerasan.[6]
Setelah dibebaskan, Robinson Butarbutar menjalani perawatan di rumah sakit HKBP di Balige. Dalam masa pemulihan, ia sempat disembunyikan oleh seorang dokter. Beberapa bulan kemudian, ia mengalami pembengkakan pada lengan yang diduga disebabkan oleh penyempitan pembuluh darah akibat kekerasan yang dialaminya selama penahanan.[6]