Kali Mujur merupakan aliran utama dalam sistem daerah aliran sungai atau DASMujur dengan luas daerah tangkapan air mencapai 247km2 (95sqmi). Hulu DAS Mujur berbatasan dengan DAS Brantas di sebelah barat. Di sebelah utara mulai dari kawasan hulu hingga tengah berbatasan DAS Bondoyudo, kemudian menyusul DAS Wotgajih di sebelah timur hingga ke kawasan hilirnya. Di sebelah barat berbatasan dengan DAS Rejali di bagian hulu dan Legong di hilir.[2]
Kali Mujur yang berhulu di kawasan Taman Nasional Bromo Tengger Semeru, menjadikannya salah satu Daerah Aliran Sungai (DAS) utama yang rentan terdampak aktivitas vulkanik Gunung Semeru. Pada April 2024, intensitas hujan yang tinggi memicu banjir lahar dingin yang meluap dari Kali Mujur dan beberapa DAS lain di sekitarnya. Banjir ini membawa material vulkanik yang menumpuk di lereng Semeru, mengakibatkan kerusakan signifikan di sembilan kecamatan di Kabupaten Lumajang, Jawa Timur. Dampak bencana ini mencakup putusnya 17 jembatan, termasuk Jembatan Mujur II, rusaknya 24 dam irigasi, serta menyebabkan korban jiwa dan pengungsian warga. Untuk memitigasi risiko di masa depan, pihak berwenang seperti BNPB telah memasang sensor peringatan dini banjir di sepanjang aliran sungai.[5][6]
