Menyusul keputusan Mahkamah Konstitusi pada tanggal 22 September 2010 yang mengabulkan sebagian gugatan Yusril Ihza Mahendra terhadap masa jabatan jaksa agung dalam UU No. 16 Tahun 2004, keabsahan jabatan Hendarman menjadi diperdebatkan. Menurut Ketua MK Mahfud MD, berdasarkan keputusan tersebut, sejak 22 September2010 pukul 14.35 WIB, Hendarman tidak lagi menjadi Jaksa Agung yang sah. Sementara pemerintah melalui Menteri Sekretaris NegaraSudi Silalahi dan Staf Khusus Presiden Bidang Hukum Denny Indrayana, tetap berkeyakinan bahwa jabatan Hendarman sah karena tidak ada bagian dalam keputusan MK yang menyatakan apa yang dikemukakan oleh Mahfud tersebut.[2][3][4][5][6][7]
Pada tanggal 24 September2010, PresidenSusilo Bambang Yudhoyono mengakhiri perdebatan dengan mengeluarkan keputusan presiden yang memberhentikan Hendarman. Sejak dikeluarkannya keppres tersebut, Hendarman resmi diberhentikan dan tugas serta wewenangnya dilaksanakan oleh Wakil Jaksa Agung Darmono sebagai pejabat sementara.[8][9]
