Awalnya, stasiun ini hanya memiliki dua jalur kereta api dengan jalur 2 merupakan sepur lurus. Setelah pembangunan jalur ganda di segmen Larangan–Prupuk selesai per 29 Mei 2014,[3] tata letak stasiun ini diubah, dengan menambahkan jalur 3 sebagai sepur lurus baru arah Cirebon dan jalur 4 sepur belok. Jalur 2 eksisting kini dijadikan sepur lurus arah Prupuk saja. Sepur badug yang menyambung dengan wesel di jalur 1 serta bangunan stasiun peninggalan Staatsspoorwegen tetap dipertahankan setelah jalur ganda ini selesai.
Dengan selesainya jalur ganda ini, sudah tidak ada lagi persilangan antarkereta api yang dilayani di stasiun ini. Saat ini stasiun ini hanya melayani penyusulan antarkereta api saja.
Insiden
Pada 4 Desember 2022, seorang pengendara sepeda motor menabrak Kereta api Tambahan relasi Yogyakarta—Gambir di dekat Stasiun Songgom, tepatnya di etaksekitar Pasar Songgom. Pengendara sempat melompat sebelum kereta api sempat melintas. Kereta api pun dilakukan pengecekan kondisi sarana di Stasiun Prupuk sebelum kemudian melanjutkan perjalanan.[4]
