Sintong dilahirkan di Tarutung, Tapanuli Utara, sebagai anak ketujuh dari 11 bersaudara. Saudara-saudaranya bernama: Johan Christian, Nelly, Humalatua, Hiras, Erne, Wilem, Tiurma, Dame, Anton dan Emmy.
Ayahnya, Simon Luther Panjaitan (sebelumnya bernama Mangiang Panjaitan) adalah seorang Mantri di Centrale Burgelijke Ziekenhuis (RSU) Semarang.[3] Ibunya, Elina Siahaan adalah puteri dari seorang raja di Aek Nauli, Raja Ompu Joseph Siahaan.[2] Keduanya menikah di Kota Semarang, pada tahun 1925.
Minat Sintong pada bidang militer muncul saat berumur tujuh tahun yang pada saat itu rumahnya kerap terkena bom North American P-51 Mustang Angkatan Udara Kerajaan Belanda. Sintong mulai memanggul senjata di bangku Sekolah Menengah Atas (1958) saat ia mengikuti latihan kemiliteran 3 bulan yang dilaksanakan gerakan Pemerintahan Revolusioner Republik Indonesia di bawah pimpinan Kolonel Maludin Simbolon.[4]
Karier militer
Sintong mulai mencoba memasuki dunia militer saat mencoba melamar masuk Akademi Angkatan Udara pada tahun 1959. Saat menunggu hasil lamarannya tadi, Sintong juga mengikuti ujian masuk Akademi Militer Nasional pada tahun 1960, dan lulus sebagai bagian dari 117 taruna AMN angkatan V.
Sintong lulus dari AMN pada tahun 1963 dengan pangkat Letnan Dua. Selanjutnya ia mengikuti sekolah dasar kecabangan Infanteri di Bandung dan lulus pada tanggal 27 Juni 1964 dan ditempatkan sebagai perwira pertama di Resimen Pasukan Komando Angkatan Darat (RPKAD), pasukan elit TNI Angkatan Darat (kini bernama Komando Pasukan Khusus - Kopassus).
Pada periode Agustus 1964-Februari 1965 Sintong menerima perintah operasi tempur pertamanya di dalam Operasi Kilat penumpasan gerombolan DI/TII pimpinan Abdul Kahar Muzakkar di Sulawesi Selatan dan Tenggara.
Sejak Februari 1965, Sintong mengikuti pendidikan dasar komando di Pusat Pendidikan Para Komando AD di Batujajar. Ia memperoleh atribut Komando di Pantai Permisan, 1 Agustus 1965, dan kembali ke Batujajar untuk pendidikan dasar Para dan mengalami 3 kali terjun.
Setelah itu ia menerima perintah untuk diterjunkan di Kuching, Sarawak, Malaysia Timur sebagai bagian dari Kompi Sukarelawan Pembebasan Kalimantan Utara dalam rangka Konfrontasi Malaysia.
Sintong Panjaitan adalah pemimpin Grup-1 Para Komando yang terjun dalam operasi pembebasan kontra terorisme dalam peristiwa pembajakan pesawat Garuda DC-9 Woyla tanggal 31 Maret1981. Operasi ini dijalankan saat pangkatnya adalah Letnan Kolonel. Walaupun terdapat dua korban jiwa (satu Pilot dan satu anggota Para Komando), operasi tersebut dinilai sukses oleh pemerintah Indonesia karena selamatnya seluruh awak dan penumpang pesawat yang lain, sehingga ia beserta tim-nya dianugerahi Bintang Sakti dan dinaikkan pangkatnya satu tingkat.[8]
Keterlibatannya dalam operasi militer di daerah Timor Timur kemudian menjadi salah satu penyebab diangkatnya Sintong menjadi Panglima Komando Daerah Militer IX/Udayana yang mencakup Provinsi Timor Timur. Sintong kemudian dicopot dari jabatannya sebagai pangdam akibat Pembantaian Santa Cruz yang terjadi di pemakaman Santa Cruz, 11 November1991, yang mengakibatkan jatuhnya korban jiwa dan skandal internasional. Beberapa pihak menyatakan bahwa peristiwa ini turut mengakhiri karier militer Sintong.[9] Akibat keterlibatannya dalam insiden tersebut ia dituntut pada 1992 oleh keluarga seorang korban jiwa dan divonis, pada 1994, untuk membayar ganti rugi sebanyak total 14 juta US Dollar.[10]
_Bintang_Mahaputera_Utama.png){kind=small}
_Bintang_Sakti.png){kind=small}
.gif){kind=small}
_Satyalencana_Dwidya_Sistha.png){kind=small}
_Satyalencana_G.O.M._VIII_Dharma_Pala.png){kind=small}
_Satyalencana_Pepera.png){kind=small}
_Satyalencana_Seroja.png){kind=small}
