Pengadilan Negeri Jayapura (disingkat PN Jayapura) merupakan sebuah lembaga peradilan di lingkungan peradilan umum yang berkedudukan di Jayapura. Sebagai pengadilan tingkat pertama, PN Jayapura berfungsi untuk memeriksa, memutus, dan menyelesaikan perkara pidana dan perdata, Tindak Pidana Korupsi dan Hubungan Industrial bagi rakyat pencari keadilan di wilayah hukumnya. PN Jayapura merupakan pengadilan Kelas IA. Ketua PN Jayapura saat ini dijabat oleh Derman P. Nababan, S.H., M.H