Berdasarkan Peraturan Pemerintah No 6 Tahun 2005 Pasal 36 Ayat 3, hanya partai politik yang memiliki 15% kursi atau lebih di Dewan Perwakilan Rakyat Daerah yang dapat mengajukan kandidat. Partai politik yang memiliki kursi kurang dapat mengajukan calon hanya jika mereka telah memperoleh dukungan dari partai politik lainnya. Calon independen dapat mengajukan diri jika mereka telah mengumpulkan setidaknya 1.118.097 KTP dukungan untuk mendaftarkan pencalonan mereka ke Komisi Pemilihan Umum.
Kisruh Pemilukada
Kisruh Pemilukada Jatim 2013 bermula saat terjadinya dualisme dukungan di antara pimpinan Partai Persatuan Nahdlatul Ummah Indonesia (PPNUI) dan Partai Kedaulatan (PK) kepada pasangan petahana Soekarwo & Saifullah Yusuf atau Khofifah Indar Parawansa & Herman Surjadi Sumawiredja. Isu pun mulai berkembang seiring Ketua KPU Jatim dituduh menerima suap dari salah satu calon sebesar 3 miliar rupiah. Berdasarkan hasil voting yang dilakukan KPU Jatim pada rapat pleno yang diadakan tanggal 14 Juli2013, KPU Jatim menetapkan pasangan Khofifah Indar Parawansa & Herman Surjadi Sumawiredja tidak lolos Pemilukada Jatim 2013 karena partai pendukung memiliki kursi sebesar 14,81%. Menurut KPU, dukungan tersebut tidak memenuhi syarat yang seharusnya sebesar 15% kursi DPRD Jawa Timur. Pasangan Khofifah-Herman pun menggugat KPU Jatim ke DKPP dan DKPP menyatakan bahwa pasangan Khofifah-Herman dapat mengikuti Pemilukada. KPU Jatim pun menerima keputusan DKPP dan menetapkan pasangan Khofifah-Herman mendapat nomor urut 4.[2]
Kandidat Gubernur dan Wakil Gubernur
Pemilihan umum ini diikuti oleh empat pasang calon gubernur dan wakil gubernur. Gubernur dan Wakil Gubernur petahana, Soekarwo dan Saifullah Yusuf kembali maju bersama dalam pemilihan ini. PDIP mengusung Bambang Dwi Hartono yang merupakan mantan Wali Kota Surabaya bersama dengan Said Abdullah yang adalah anggota Dewan Perwakilan Rakyat. Pemilihan umum ini juga diikuti oleh pasangan dari jalur independen yaitu Eggi Sudjana, seorang aktivis Indonesia yang berpasangan dengan Muhammad Sihat, CamatBenowo, Surabaya. Pada tanggal 31 Juli2013, DKPP memenangkan gugatan dari pasangan Khofifah Indar Parawansa dan Herman Surjadi Sumawiredja yang diusung oleh PKB dan 5 partai politik non parlemen yang sebelumnya dinyatakan tidak lolos oleh KPU Jatim. Pada tanggal 15 Juli2013, KPU Provinsi Jawa Timur telah mengundi nomor urut peserta Pilgub Jatim,[3] disusul oleh Khofifah-Herman yang bergabung setelahnya.