Selama 1910–1911, misionaris Yesuit telah mengunjungi barat Manggarai.[butuh rujukan] Pada tanggal 17 Mei1912, Imam Henrikus Looijmans S.J. membaptis sejumlah umat Katolik pertama di Jengkalang, Wangkung, Reok, Manggarai. Beberapa di antaranya meliputi Katarina Arbero, Henricus, Agnes Mina, Caecilia Weloe, dan Helena Loekoe.
Misionaris dari Serikat Sabda Allah kemudian datang ke Ruteng tahun 1914. Beberapa stasiun misi didirikan pada tahun 1929-1957.
Pada tahun 1925, ada 7.036 umat Katolik di dua paroki. Pada 29 September1929, dengan kedudukan pejabat tinggi gereja dari Manggarai didirikan dan Sabda Allah Bapa Thomas Koning menjabat sebagai dekan. Pada tahun 1929, umat Katolik mulai membangun katedral dan menyelesaikannya pada tahun 1931. Pada tanggal 8 Maret1951, kedudukan pejabat tinggi gereja dari Manggarai diangkat menjadi Vikariat Apostolik Ruteng. Ilahi Bapa Wihelmus van Bekkum dipilih sebagai pendeta apostolik. Imam kemudian ditahbiskan menjadi vikaris pada 13 Mei1951.
Pada tanggal 3 Januari 1961, Vikariat Apostolik Ruteng ditingkatkan menjadi keuskupan. Wihelmus van Bekkum, S.V.D. menjabat sebagai uskup yang pertama.
Pastor Vitalis Djebarus dipilih sebagai penggantinya dan ditahbiskan sebagai Uskup Ruteng kedua. Namun, uskup kemudian diangkat sebagai Uskup Keuskupan Denpasar pada tahun 1981.
Pada tanggal 3 Desember 1984, diangkat Tahta Suci Sabda Allah Bapa Eduardus Sangsun sebagai Uskup Ruteng. Pentahbisan Episkopal pada tanggal 25 Maret1985. Setelah wafat, pastor Laurens Sopang menjabat sebagai administrator keuskupan.
Gereja Katolik Manggarai melewati beberapa periode penting, yaitu periode awal karya misionaris SVD (Serikat Sabda Allah) antara 1914-1920, periode sebagai vikariat apostolik antara 1951-1961, masa episcopat (kegembalaan seorang uskup) dari Mgr Wilhelmus van Bekkum SVD antara 1961-1972, Mgr Vitalis Djebarus SVD (1973-1981) dan Mgr Eduardus Sangsun SVD (1985-2008).[3]
Pemekaran Keuskupan Labuan Bajo
Dalam Sinode III Keuskupan Ruteng pada tahun 2021, direncanakan adanya pemekaran keuskupan baru di wilayah Labuan Bajo. Keuskupan Labuan Bajo kemudian terbentuk secara resmi pada 21 Juni 2024.[4] Beberapa hal, seperti aset dan kegiatan, akan dilaksanakan secara interdiosesan.[5]
Departemen Dokumentasi dan Penerangan (Juni 2017), Buku Petunjuk Gereja Katolik Indonesia 2017 (dalam bahasa (Indonesia)) (Edisi 1), Jakarta Pusat: Konferensi Waligereja Indonesia Pemeliharaan CS1: Bahasa yang tidak diketahui (link)