Hubungan Afrika Selatan dan Rwanda telah menghadapi periode ketegangan sejak tahun 2013 ketika mantan kepala intelijen Rwanda, Patrick Karegeya, dibunuh saat tinggal di pengasingan di Afrika Selatan.[3] Hubungan semakin tegang pada tahun 2014 ketika mantan jenderal Rwanda Kayumba Nyamwasa dibunuh di sebuah lokasi dekat Johannesburg, Afrika Selatan.[4] Di Afrika Selatan, kedua pembunuhan tersebut diyakini telah diatur oleh pemerintah Rwanda.[3][4] Sebelum pembunuhan tersebut, presiden Rwanda Paul Kagame menuduh Afrika Selatan menampung "teroris" yang berusaha menggulingkannya dari kekuasaan.[5]
Sejak 2018, kedua negara telah berupaya untuk menormalisasi hubungan.[4][5] Dalam laporan Amnesty International pada Juli 2021, diduga bahwa pemerintah Rwanda telah terlibat dalam aktivitas spionase terhadap presiden Afrika Selatan Cyril Ramaphosa dengan memasang perangkat mata-mata Pegasus secara ilegal di telepon selulernya.[6] Pada bulan yang sama, Rwanda mengusulkan untuk mengoordinasikan operasi dengan Afrika Selatan dalam upaya memerangi pemberontakan Muslim di Cabo Delgado.[7]
Selama serangan Goma 2025, 13 pasukan penjaga perdamaian Afrika Selatan tewas dalam bentrokan dengan M23 yang didukung Rwanda. Menteri Pertahanan Afrika Selatan, Angie Motshekga, menyatakan bahwa serangan M23 terhadap posisi Afrika Selatan baru diredakan setelah Presiden Ramaphosa memberi tahu pemerintah Rwanda bahwa serangan lanjutan akan ditafsirkan oleh Afrika Selatan sebagai "deklarasi perang" oleh Rwanda.[8]